Примеры с сайта ФИПИ и в самом деле содержат ошибки. Но заключаются они не просто в дистантном расположении причастного оборота (обособленного определения), а в таком расположении, когда это определение следует после всей грамматической основы предложения, в которой подлежащее предшествует сказуемому. В примерах же из Воробьева и Булгакова обособленные определения предшествуют грамматической основе. Если обособленное определение подчинено подлежащему, оно может предшествовать ему и находиться где угодно до этого подлежащего. Если же оно подчинено подлежащему, но находится после него, то между подлежащим и этим определением могут находиться только такие другие члены предложения, которые тоже подчинены подлежащему. Начало состава сказуемого — Рубикон, пересекать который постпозитивному определению (к подлежащему) запрещено. В предложениях с сайта ФИПИ имеются подлежащие (Нефтяные) загрязнения и Экология, остальное же (являются угрозой всему живому в Мировом океане и является одной из молодых наук) — состав сказуемого. Ошибка и заключается в том, что в обоих случаях определение к подлежащему, находящемуся в начале предложения, помещено после состава сказуемого: при этом, как очевидно, возникает впечатление рассогласования, так как при восприятии предложения мы ищем «хозяина» определения в ближайшем слева существительном, а оно ни «хозяином» не является, ни соответствующей падежной формы не имеет.

Так что формулировка «дистантное расположение обособленного определения» ущербна, она далеко не полно отражает суть дела.

В данном предложении запятая перед союзом и ставится потому, что обстоятельство на темном небе относится только к первому простому предложению (сверкнула яркая молния), а оглушительный гром раздался после и в небе.  

Ваш вариант пунктуации корректен.

Спасибо, что Вы выяснили этот вопрос. Сделать добавления мы не можем, ведь на нашем портале опубликован текст свода правил правописания 1956 года. Конечно же, рекомендации в справочниках более поздних лет издания выглядят полнее.

Нам также кажется более логичным вариант с точкой перед прописной буквой (можно даже провести аналогию с оформлением постскриптума). Но и двоеточие тоже можно понять: оно показывает, что слово "справочно" относится к последующему тексту.

Верно, в целом это простое по структуре предложение.

Оснований для постановки запятой нет.

Если прямая речь оказывается внутри слов автора, то она заключается в кавычки, а перед ней ставится двоеточие; прямая речь начинается с прописной буквы. После прямой речи ставится запятая, если она была необходима в месте разрыва вводящих слов автора: Не хочу, чтобы то говорила: "И всё?", когда мы разговаривали о нем.

Такое произношение и написание не соответствует литературной норме русского языка.