Да, в данном предложении необходимо выделить одиночное деепричастие запятыми. Оснований для его невыделения нет.

«Прилагать стихи к прозе — удобный прием: они по-иному подсвечивают то, что написано в книжке...» — читаем в послесловии одного из романов и убеждаемся в том, что метафорическое употребление глагола подсвечивать возможно.

Важно различать понятия "однокоренные слова" и "грамматические формы одного слова". Однокоренные слова — это слова, имеющие общий корень, но отличающиеся другими морфемами (приставками или суффиксами).

Составное глагольное сказуемое хочу благодарить, предать огласке, предоставить. Вспомогательный глагол с модальным значением хочу + 3 однородных смысловых компонента. Второй из них выражен устойчивым сочетанием.

Обстоятельственный оборот по сравнению с прошлым годом, вообще говоря, может быть обособлен «для попутного пояснения или смыслового выделения» (см. параграф 74 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), однако в приведенном контексте важно, с каким именно периодом сравнивался показатель, а потому обособление было бы неуместно.

Приложение — это компонент, главная функция которого состоит в дополнительной характеристике определяемого слова. Эта дополнительная характеристика может носить уточняющий характер, может служить указанием на особую важность предмета в каком-либо отношении (старейшая газета России в Вашем примере), может называть классифицирующий признак предмета (летопись в Вашем примере) и др. Поэтому ориентироваться разумнее не на различные попытки вывести правила разграничения приложений и определяемых слов, которые содержатся в различных пособиях, но не охватывают и не могут охватить всего разнообразия смысловых и прочих отношений в конструкциях с приложениями, а на этот главный признак: то, что служит дополнительной характеристикой, и является приложением.

Как Вы уже поняли, никаких реальных ограничений на то, чтобы главное слово было собственным наименованием в кавычках, не существует. Безусловно, бывает, что такое название как раз и служит приложением (кафе «Березка»), но из этого нельзя выводить никакого правила.

Когда имеется обособление, решать, конечно, проще: в обоих Ваших примерах обособленные компоненты и являются приложениями.
 

Запятые поставлены верно, если смысловые акценты высказывания выражает именно причастный оборот. Если контекст таков, что важно подчеркнуть признак «стояла», то поставьте запятую перед причастным оборотом.

Для русской пунктуации не характерна постановка запятой перед открывающей скобкой. Чтобы выразить тот смысл, который Вы вкладывали в предложение, его нужно перестроить, например: Написанная известной писательницей книга (которую все так высоко ценили) стала бестселлером.

В данном случае это вводное слово, выражающее предположение: Может, что-то случилось? 

Да, в этом предложении обязательно нужно как-то выделить не, чтобы подчеркнуть, что здесь это слово указывает на частицу не, а не используется как отрицание к пишутся. Подойдут кавычки, курсив или любой другой способ выделения:

Глаголы с частицей «не» пишутся раздельно.

Глаголы с частицей не пишутся раздельно.