Оба варианта возможны, но предпочтительно поставить двоеточие.
Междометие подумаешь, выражающее иронию, насмешку или пренебрежение, выделяется запятыми или тире.
См. правило здесь (все Правила). Правильно: видите (правило здесь).
В первом предложении слово только лишнее, так не говорят. Верно: Мы здесь одни. Так что в данном случае одинаковое значение у слова одни и сочетания только вдвоем. Это контекстные синонимы, то есть в другом контексте (например, если бы речь шла не о двух людях, а о трех) они синонимами могут и не быть.
Запятые расставлены верно, а вот после цифр, с помощью которых нумеруются части перечня, нужно поставить не скобку, а точку, поскольку каждый пункт начинается с прописной буквы и оканчивается точкой:
Что делаем сегодня?
1. Подумаем, зачем мы вообще сегодня здесь собрались.
2. Узнаем, что такое референс-менеджеры...
Вставка кто бы мог подумать выделяется с двух сторон либо тире, либо скобками.
Это слово пока не зафиксировано в нормативных словарях русского языка, поэтому «правильного» и «неправильного» варианта нет. Слово продолжает осваиваться языком. Выберите тот вариант, который больше нравится Вам.
Запятая после очищая нужна.
Да, это вводное слово, запятая нужна.
Слово также не бывает вводным. Обратите внимание, что в начале предложения использовать его нежелательно (можно написать, например, так: Участники совещания обсудили и другие вопросы).
