Тем не менее - союз или наречное выражение, не является вводным словом.

ТЕМ НЕ МЕНЕЕ, союз и наречное выражение

1. Союз. То же, что «но, однако». Синтаксические конструкции с союзом «тем не менее» выделяются знаками препинания, обычно запятыми.

Хотя письменная отчетность о поступающих в лазарет и возвращающихся в эскадроны лошадях и лежала на мне и барон требовал большого порядка по этой части, тем не менее смотреть за лазаретом не входило в круг моих непременных обязанностей. А. Фет, Семейство Гольц.

2. Наречное выражение. То же, что «все-таки, несмотря на это». Не требует постановки знаков препинания.

Мюллер долго наблюдал за тем, как медленно, еле заметно, но тем не менее неуклонно лучи двигались по комнате. Ю. Семёнов, Экспансия-I. Вместо уроков географии ходит в гости к знакомой кокотке, что тем не менее ничуть не вредит ее образованию. Н. Тэффи, Французский роман. Несмотря на то, что Ягозин был кровным детищем Петербурга, дышал со дня рождения воздухом Невского проспекта и сосал молоко охтенской кормилицы, он весь тем не менее состоял из одной быстроты и юркости. Д. Григорович, Карьерист.

Принципиальной разницы нет.

Вторая фраза некорректна. В первом случае лучше: войти в автобус.

Тире уместно.

Да, в данном предложении запятая необходима. Запятая ставится для отделения придаточного предложения. Правильный вариант: "Чтобы войти в систему, необходимо изменить пароль". 

Да, запятая нужна.

Спасибо! И Вас с Новым годом!

Двойное написание этого слова (через а и через о) зафиксировано еще в словаре Даля. Написание бадяги 'семейство губок' дает и Биологический энциклопедический словарь (М., 1989). Видимо, поэтому в торговом названии лекарственного препарата используется вариант с буквой а. Тем не менее современные нормативные орфографические словари дают единственный вариант: бодяга (и в «ботаническом» значении, и в жаргонном значении, напр.: разводить бодягу, кончай бодягу). См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.

Написание через о объясняется историей слова. Историко-этимологический словарь М. А. Грачева, В. М. Мокиенко «Русский жаргон» (М., 2009) сообщает, что это слово связано со старинным глаголом бости 'бодать, колоть' и первоначально было народным названием колючего растения, пресноводной губки, которую в высушенном виде использовали как притирание, косметическое средство вроде румян для лица. Старинный русский журнал «Друг здравия» писал в 1842 году: «Наша бодяга, которую крестьянки собирают в реках, сушат и толкут, производит румянец в натираемых частях не краскою, а раздражением кожи острыми микроскопическими шипиками». Бодяга, следовательно, колет, «бодает» кожу. А оборот разводить бодягу возник, весьма вероятно, как игра слов в языке актеров, где это дешевое косметическое средство было популярно: разводя бодягу, они одновременно вели пустые беседы, долгие разговоры.

Знаки препинания внутри этого предложения не нужны. Для слова, несущего на себе логическое ударение, можно применить шрифтовое выделение.

Верно: достичь договоренности. В большинстве случаев глагол достичь управляет родительным падежом.

ДОСТИЧЬ, -стигну, -стигнешь; достиг, -ла, -ло; св.
1. чего.
Дойти, доехать до какого-л. места, предела. Д. берега, станции, границы. Лодка достигла середины реки. Д. за час назначенного пункта.
2. чего.
Распространяясь, дойти до кого-, чего-л. (о звуках, слухах и т.п.). Слуха достиг рокот прибоя. Молва о случившемся достигла столицы. Сплетни достигли жены.
3. чего.
Дойти до какого-л. уровня, предела в своём развитии, проявлении, в каких-л. изменениях. Д. высшей ступени развития. Мороз достиг сорока градусов. Трава достигла человеческого роста. Развитие современной техники достигло высшего уровня. Его гнев достиг наибольшего накала
(стал очень сильным).
4. чего.
Дожить до определённого возраста. Д. совершеннолетия. Д. глубокой старости. Ребенок не достиг ещё и пяти лет.
5. чего.
Добиться чего-л. своими усилиями, приобрести, получить желаемое. Д. положительного результата. Д. высокого положения. Д. успеха. Д. апогея счастья
(почувствовать себя безмерно счастливым). * Достиг я высшей власти (Пушкин).
6. кого-что. Устар.
Догнать, настичь. Достичь убегающего противника. < Достигать; Достижение (см.).

Запятая не нужна.