Запятая нужна. Пропуск запятой при двукратном повторении союза возможен только в случае употребления союза и (например: Кругом было и светло и зелено); в сочетаниях с союзом ни... ни... запятая не ставится только тогда, когда сочетание фразеологическое: ни то ни сё, ни себе ни людям и т. п. См. об этом параграф 26 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Действительно, некоторые словари фиксируют существительное в единственном числе сот. Также оно встречается в литературе и публицистике — но в основном в том же значении, что и соты (совокупность ячеек).

Таким образом, слово существует, но употребляется редко, сильно уступая форме множественного числа.

Для обозначения одной ячейки в литературе иногда используется вариант сота (женского рода), но нам не удалось найти словари, которые фиксировали бы его как нормативный.

Имя То́ма должно склоняться. Все фамилии, оканчивающиеся на неударное а после согласных, склоняются по первому склонению: Рибера — Риберы, Рибере, Риберу, Риберой, Сенека — Сенеки и т. д.; так же склоняются Кафка, Спиноза, Сметана, Петрарка, Куросава, Глинка, Дейнека, Гулыга, Олеша, Нагнибеда, Окуджава и др. Все такие фамилии, независимо от происхождения, являются морфологически членимыми в русском языке, т. е. в них выделяется окончание -а.

Сочетание в том числе употреблено здесь в функции присоединительного союза, после которого запятая не ставится. Заметим, что гораздо более удачным было бы оформить присоединительную конструкцию не отдельно, а через запятую с основной частью: ...Соблюдать требования нормативных актов в области связи и информации (ФЗ от 07.07.2003 126-ФЗ «О связи»), в том числе не допускать нарушения порядка проектирования, строительства и эксплуатации сетей и сооружений связи.

Это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен. Правда, поскольку предложение сильно распространенное, прочитать его без паузы невозможно, поэтому в данном случае тире нужно поставить: Героизм и подвиг всех защитников нашей Родины во время Великой Отечественной войны через жизнь и подвиги преподавателей Казанского университета — глазами и словами детей. 

Написание в рамках одного текста, конечно, должно быть единообразным. Но выбор варианта в данном случае — за автором. В неофициальном тексте у автора есть возможность писать в соответствии с орфографическими нормами: Государственная дума, Комитет Государственной думы по... При этом и в неофициальном тексте использование официальной формы написания (Государственная Дума, Комитет Государственной Думы по...) не запрещается, оно допустимо, если отвечает намерениям автора и характеру написанного.

Корректно: заповедник «Три столба», «Томские стоянки».

Логика та же, корректно писать без кавычек.

Нет, здесь другое правило. Буква о пишется в суффиксе имен существительных -онк-: книжонка, ручонка, рубашонка, распашонка.

Верно в именительном падеже: наём и заём. У слова "нанять" есть значение "взять что-л. за определённую плату внаём, во временное пользование", поэтому о квартирах можно так говорить.