Нам представляется, что Вы предложили весьма удачное решение: система клинико-этиологической и анатомо-патофизиологической классификации. 

В неофициальных текстах, в том числе в научных статьях, слово президент как название должности принято писать со строчной буквы, однако в последнее время, особенно в текстах юридической направленности, очевидна тенденция к использованию в сочетании Президент Российской Федерации прописной буквы. Это не ошибка, но лучше все-таки использовать строчную букву, особенно если в тексте упоминаются другие президенты. 

Слово указ в неофициальных текстах пишется со строчной буквы.

См. также 270300, 280191.

Кавычки нужны при указании на полное официальное наименование документа. В нашем случае название дано не полностью (но уже поправили на полное название, с кавычками). А вот "основы" в кавычки не заключаются.

Как правило, указание полного названия должности свидетельствует об "официальности" текста, и поэтому используются прописные буквы. Но могут быть и исключения.

«Словарь собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко – самый авторитетный справочник, посвященный ударению в собственных именах, – фиксирует: Борис ШергИн, Бориса ШергинА. Такая же фиксация – в двухтомном «Российском энциклопедическом словаре» (М., 2000). В то же время журналист, литературный критик Дмитрий Шеваров article.php?id=201000313" target=blank>отмечает, что правильное ударение в фамилии – на первом слоге. Возможно, это обусловлено личными предпочтениями Бориса Шергина, известными его коллегам – писателям.

В отношении учеников верно: курсы игры на гитаре. Приведенный Вами пример стилистически небезупречен, но понятен.

Если мне кажется употребляется с последующим союзом что (как в примере из стихотворения Расула Гамзатова в переводе Н. Гребнева), то это главная часть сложноподчиненного предложения, а союз что открывает придаточную часть. Если же при мне кажется нет придаточной части с союзом что, как во втором вашем примере, то это вводное предложение.

Если мужская фамилия оканчивается на согласный, она должна склоняться, при этом ее происхождение не имеет никакого значения. Вы найдете эту норму в любом справочнике, где есть раздел, посвященный склонению фамилий. 

Мы ответили Вам на вопрос «Как правильно?». Повторим: правильно склонять Вашу фамилию, ее несклонение по отношению к мужчине (например, *пришел в гости к Борсук) — такая же грамматическая ошибка, как несклонение склоняемого нарицательного существительного (например, *пришел в гости к друг). Дальше Вам решать, следовать правилу или использовать конструкции с грамматической ошибкой.