Корректно со строчной: Это касается и части 1 статьи 3 технического регламента Таможенного союза ТР ТС 021/2011 «О безопасности пищевой продукции».

Чтобы выбрать правильное написание названных Вами аббревиатур, нужно ответить на несколько вопросов. Нужен ли в аббревиатурах союз и? Как писать аббревиатуру – слитно или раздельно? Если союз оставлять, то какой буквой его передавать – строчной или прописной? Ответим по порядку, опираясь на «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

1. Союз и исходного сочетания не всегда включается в состав аббревиатуры, приведем несколько разных примеров: АиФ (Аргументы и факты), МиГ (Микоян и Гуревич), ОВИР (отдел виз и регистрации), но КВН (клуб веселых и находчивых), ГТО (готов к труду и обороне).

2. Аббревиатуры пишутся слитно, за исключением таких, которые состоят из двух самостоятельно употребляющихся инициальных аббревиатур, являющихся названиями разных организаций, например: ИРЯ РАН (Институт русского языка Российской академии наук), ИФЛ СО РАН (Институт филологии Сибирского отделения Российской академии наук). 

3. Правила орфографии рекомендуют писать союз и в составе аббревиатур строчной буквой (упомянутое выше написание ОВИР не соответствует правилу и оказывается исключением). Однако это правило охватывает только аббревиатуры звукового типа (читающиеся по звукам, а не по названиям букв). К сожалению, правило для буквенных аббревиатур (к которым относятся аббревиатуры, названные в вопросе) в справочниках отсутствует.

Подведем итог. Орфографически безупречными будут написания аббревиатур без союза: УТТСТ, ООТПБ, СБУФ (ср. КВН, ГТО). Части полных наименований, сокращенные до СТ, ПБ, Ф, не являются названиями самостоятельных организаций, поэтому отделять их пробелами не нужно вне зависимости от наличия или отсутствия союза.

Если же союз оставлять, то выбор между строчной и прописной буквой, не урегулированный правилами, предлагаем сделать в пользу строчной: УТТиСТ, ООТиПБ, СБУиФ. Такие написания удобны для расшифровки и поэтому оправданны не только для звуковых аббревиатур, но и для буквенных.

Обособление не нужно, но предложение слишком сложно для восприятия, поэтому его желательно перестроить или разбить на два.

1. Точка необходима.

2. Знак вопроса необязателен.

Обратите внимание: запятая перед и в названии темы не нужна.

Корректно: ПВ/КВ-установка. Аббревиатуры с последующим словом стандартно пишутся через дефис. Косая черта отмечает варианты, что также обычное дело. Одновременно применять оба эти знака было бы избыточно.

Гарантировать от чего-либо - ошибочное сочетание. Можно исправить на: не гарантирует безопасности; не защищает от теракта.

Беспредложный родительный падеж существительного, обозначающего сферу действия комитета, в этой позиции встречается, ср. хотя бы: Комитет государственной безопасности СССР.

Вероятная цепочка такова: Отделение по охранению общественной безопасности и порядка - Охранное отделение - охранка. Ср.: Ильинская улица - Ильинка.

«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует:

ОБЖ [обэже], нескл., с. и мн. (сокр.: основы безопасности жизнедеятельности)

Таким образом, возможно: сегодня было ОБЖ и сегодня были ОБЖ.

Слово федеральный в названиях округов пишется с маленькой буквы: Северо-Западный федеральный округ, Южный федеральный округ  и др. С большой буквы федеральный пишется как первое слово официального названия: Федеральная служба безопасности РФ, Федеральное агентство по печати и массовым коммуникациям и т. п.