Возможны оба варианта, второй предпочтителен.
Ответить на такой вопрос помогают толковые словари русского языка. Глаголы-омонимы описываются в разных словарных статьях, а многозначному глаголу посвящается одна статья.
В книжно-письменных стилях верно: Сам автор назвал книгу виртуальным музеем. Можно использовать форму женского рода, если она является единственным показателем того, что речь идет о женщине, а пишущему важно это подчеркнуть: Сама автор назвала книгу виртуальным музеем.
Вне контекста запятая нужна. На практике может быть такой контекст, в котором запятая не требуется.
Правильно: семья Буш.
Увидеть мумии фараонов, напоминать египетские мумии, сделать из них мумии. Существительное мумия неодушевленное, его формы множественного числа в именительном и винительном падеже совпадают.
Как условное наименование музея - "Новая пинакотека", "Старая пинакотека".
Верное написание: Дом Гоголя (если речь идет о названии музея).
Названия усадеб пишутся без кавычек (усадьба Михайловское), но названия музеев-усадеб заключаются в кавычки (музей-усадьба «Михайловское»). Кавычки помогают разграничить топоним (географическое название) и название музея.
