Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.

Верно: встроенно-пристроенные помещения. Написание НН совпадает с написанием прилагательного встроенный.

В современных словарях русского языка в качестве правильного указано слитное написание: внакладе. Мы с ними согласны.

Узнать, употребляется ли то или иное слово в письменной речи, то есть выяснить практику употребления, можно в Национальном корпусе русского языка www.ruscorpora.ru

Если слова не зафиксированы нормативными словарями, но при этом образованы по регулярным словообразовательным моделям на основе нормативных компонентов, то такие слова, как правило, также нормативны. Но всегда перед их использованием следует обратить внимание на возможные синонимичные средства, которые могут иметься в словарях.

Вот правило: после однородного члена предложения, присоединяемого союзом а также или а то и, запятая не ставится, т. е. он не обособляется. См. справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация» (ditmarelyashevich/spravochnikporusskomuyazikupunktuaciya/read3/" target=blank>пункт 7 на этой странице).

Запятая здесь желательна.

Пятипроцентный – это прилагательное, образованное от числительного пять и существительного процент, поэтому правило о наращениях для числительных на него не распространяется.

Написание шедевр объясняется историей слова (от фр. chef d'oeuvre < chef 'главный' + oeuvre 'дело, труд, произведение'). Правило на жи – ши регулирует выбор между И и Ы, а не между И и Е.

Да, пояснительный оборот выделяется запятыми с двух сторон.

Указанное правило не распространяется на формы мужского рода. В них всегда пишется одно Н.