Обосновать, почему в том или ином месте знак ставить не надо, труднее, чем объяснить, почему необходимый знак отсутствует: в правилах пунктуации в основном представлены случаи, в которых надо ставить тот или иной знак препинания, и гораздо меньше внимания уделяется ситуациям, когда никакой знак не ставится. При ответе на вопросы о конкретных предложениях часто приходится ограничиваться замечанием, что для постановки знака (знаков) нет оснований. Приведенное Вами предложение именно такое.
Впрочем, в этом предложении допустимы знаки препинания, выделяющие обстоятельство в темноте, которое можно логически осмыслить как уточнение к обстоятельству во время ненастья: Жутко оказаться в лесу во время ненастья, в темноте, рядом с диким зверьем.
В данном случае слова а именно стоят перед присоединительным членом предложения (а не предложением), двоякое прочтение невозможно, поэтому двоеточие или другие знаки препинания после а именно не требуются.
Это выражение нужно обособить как вводное. Следует отметить, что, поскольку союз И в приведенном примере употреблен в присоединительном значении, после этого союза запятую ставить не нужно (иначе говоря, запятая ставится только после вводных слов).
После слова уважаемый в конструкциях типа Уважаемый Сергей Петрович! запятую ставить нельзя: слово уважаемый входит в состав обращения.
После слов с уважением в конце письма запятая обычно ставится: это связано с европейской эпистолярной традицией.
Знаки препинания расставлены верно.
Общие для всех вводных слов правила подробно раскрыты в Приложении 2. В частности, там говорится: Если вводное слово стоит в начале обособленного оборота – запятые ставятся перед вводным словом и после всего обособленного оборота. После вводного слова запятая не ставится (иначе говоря, запятая, которая должна была «закрывать» вводное слово, переносится в конец обособленного оборота).
В этом предложении прямая речь выполняет функцию приложения к существительному вопрос, поэтому перед ней не ставится двоеточие, а после нее знаки ставятся по условиям авторского предложения (см. пункт г) параграфа 136 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): ...ответить на вопрос «Произошла ли кровь от гражданина Б.?» не представляется возможным.
Обосновать можно наличие знака. Отсутствие знака обосновать можно далеко не всегда. Запятая не ставится, потому что нет оснований для ее постановки. Запятая после слова олова разделяет однородные члены, запятыми выделяется вводное слово скажем. А ставить запятую после слова воска нет никаких причин.
Обороты с предлогом помимо (в значении «кроме»), выполняющие в предложении функцию дополнения, обычно выделяются знаками препинания: В конце концов мы порешили, помимо шампанского, абонировать для него кресло в театре, утроить жалованье, купить ему вороных, еженедельно отправлять его за город на тройках – все это в счет Общества. (А. Чехов, Единственное средство). Однако допускается и невыделение запятыми оборотов с предлогом помимо в значении «кроме»: Категория эта кажется нам ее собственным, а не нашим, состояньем. Помимо этого состоянья все на свете названо. (Б. Пастернак, Охранная грамота). Если же оборот с предлогом помимо выступает в функции обстоятельства образа действия, то запятые не ставятся: Презирая убогого маляра, я восхищался этим единственным портретом, словно родившимся помимо желания его творца. (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов).
Обороты с предлогом кроме выделяются знаками препинания факультативно. Как правило, оборот с предлогом кроме выделяется, если предлог можно заменить словами «исключая, не считая чего-либо»: Ничья судьба, кроме своей собственной, вас более не интересует. (М. Булгаков, Мастер и Маргарита). Запятые могут не ставиться, если предлог кроме имеет значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо»: Достопримечательностью главной комнаты кроме рояля было громадное полотно в тяжелой позолоченной раме, написанное неизвестным художником… (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов). Однако практика письма показывает, что и при таком значении предлога постановка запятых возможна.
Таким образом, во всех случаях окончательное решение о постановке / непостановке запятых принимает автор текста.
Если рассматривать слова "по большому счету" как вводные (в знач. "собственно говоря"), то их следует выделить запятыми, тире при этом ставить не нужно. Если же указанные слова выступают в наречном значении (в знач. "в общем и целом"), то их обособление не требуется, при этом ставится тире перед словом "это".
С учетом того что – составной подчинительный союз. Запятая между частями составных союзов ставится только при их интонационном распадении на две части. В данном предложении условий для расчленения союза нет, поэтому предпочтительно не ставить запятую между его частями. См. также «Справочник по пунктуации»: Приложение 3. Составные союзы.
