Запятая не нужна, если считать слова "за окнами" общими для обеих частей сложносочиненного предложения.

Существительные мужского рода в таких случаях могут употребляться и с собирательными, и с количественными числительными. Верно: два мужчины и двое мужчин, четыре пацана и четверо пацанов.

Верно слитное написание, согласование в м.р. (и склонение соответственно).

Слово вдвоем не лишнее: оно указывает на то, что речь идет всего о двоих (= только мы с тобой).

В словарях устойчивых выражений сочетание гладкий как зеркало не зафиксировано, и пропускать парные запятые при нём нет оснований. Обособление сочетания как зеркало в приведенном Вами примере необходимо ещё и потому, что без него в предложении возникает сочетание *как зеркало водяную поверхность. 

Правильно: Малага. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

Ударение в названиях Базель и Марсель сравнивать некорректно, т. к. эти названия пришли из разных языков: Базель – из немецкого, Марсель – из французского (в котором ударение всегда на последнем слоге). Кроме того, ударение в иноязычных географических названиях в одних случаях соответствует ударению в языке-источнике, а в других побеждает традиционный для русского языка вариант, отличающийся от оригинала (Вашингтон, а не Уошингтон). Поэтому во всех спорных случаях надо обращаться к словарю.

Соответствующих слов в русском языке нет. При необходимости используются описательные обороты (например, как в Вашем вопросе).

Корректно с тире: врач – стоматолог-ортопед,  врач – анестезиолог-реаниматолог; врач – детский эндокринолог. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2006. Параграф 154, п. 1, 2.

Аббревиатура пишется СС, читается [эсэс]. Нельзя написать ЭСЭС. Употребление слов эсэсовец, эсэсовский корректно.

Предложение корректно.