В сочетании белок кератин никакие знаки не нужны. Это два нарицательных существительных, выражающих родовое и видовое понятия в классификации природных объектов (см. пункт 2а параграфа 122 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Суффикс -ок- в слове значок (← знак) в значениях, зафиксированных современными толковыми словарями (см., например «Толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова https://gramota.ru/poisk?query=значок&mode=slovari&dicts[]=42), не имеет уменьшительно-ласкательного значения. Слова с этим суффиксом называют предметы, похожие по какому-либо признаку на то, что названо производящим словом. Ср.: глаз → глазок (отверстие для наблюдения), язык → язычок (у замка или у ботинка), нос → носок (передняя часть ступни или обуви) и т. п.
Уменьшительно-ласкательное значение имеет омонимичный суффикс, ср.: городок (← город), басок (← бас), утюжок (← утюг) и т. п.
Это сложноподчиненное предложение, в котором придаточная часть (изъяснительная) находится перед главной частью и присоединена к ней союзом-частицей ли. Поскольку в начале придаточной части находится сочетание союза и частицы а вот, перестановка частей невозможна (сравним: *По сей день остаётся загадкой, а вот может ли она летать на самом деле), между частями предложения нужно поставить тире: А вот может ли она летать на самом деле — по сей день остаётся загадкой.
Верно: Деревья обеспечивают человека самым необходимым: материалами, топливом, пищей, лекарствами — и создают благоприятную для жизни среду. Если перечислением однородных членов предложение не заканчивается, после них ставится тире.
Возможно выделение приложения автор «Дубровского» парными тире или запятыми: Александр Сергеевич Пушкин — автор «Дубровского» — написал и много других, менее известных романов; Александр Сергеевич Пушкин, автор «Дубровского», написал и много других, менее известных романов. См. параграф 61 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.
Строгих правил на этот счет не существует.
Морфемный разбор слов с разделительными твердым и мягким знаками должен производиться с привлечением частичной транскрипции, так как эти знаки показывают, что стоящие после них буквы е, ё, ю, я нужно произносить как сочетание [j] и гласного звука: под-[jэ]зд ([j] входит в корень), бег-ун-[j]-а (-[j]- представляет собой словообразовательный суффикс). В иноязычных словах разделительный мягкий знак может стоять перед о: бул[j]он ([j] входит в корень).
Подробнее с правилами употребления разделительных твердого и мягкого знака можно ознакомиться на нашем портале в разделе «Правила от азов до тонкостей».
Понимание этих правил облегчит морфемный разбор с Ь и Ъ знаками на стыке морфем. Ь как показатель мягкости предшествующего согласного при морфемном разборе тоже может быть передан с помощью частичной транскрипции: сту[л’]-чик.
На начальных этапах знакомства с основами морфемного строения и фонетическими особенностями слов в школьной практике разделительный твердый знак часто относят к приставке, а Ь как показатель мягкости к предшествующей согласной (и внутри морфемы, и на стыке морфем). От этой практики желательно отказаться как можно раньше, так как отказ от использования частичной транскрипции при морфемном разборе формирует искаженное представление о структуре и произношении многих слов.
Верен первый вариант (обособлено придаточное предложение).
В параграфе "Тире в бессоюзном сложном предложении" справочника Д. Э. Розенталя есть следующее правило: "Если вторая часть бессоюзного сложного предложения представляет собой присоединительное предложение, перед ней ставится тире: Души у вас нет, у вас самолюбие вместо души — вот что я вам скажу". Таким образом, в указанном Вами предложении также следует поставить тире.