Вы правы в том, что кавычки употреблены неудачно. Если их и ставить, то закрыть нужно после фамилии. Однако при употреблении названия не в юридических документах в форме школа № 2129 имени Героя Советского Союза П.И. Романова кавычки не нужны вообще.
Ответ департамента образования тоже верен: нормы употребления кавычек не устанавливаются законодательно. Как записали название в уставе, так и будет оно воспроизводиться во всех документах. Чтобы изменить название, нужно произвести сложные юридические действия, на это нужна добрая воля руководителя организации и его руководства. Изменение даже только кавычек в названии влечет за собой множество юридических проблем, поэтому обычно названия сохраняют в том виде, в котором они уже закреплены.
В литературном языке употреблять слово пользовать вместо использовать некорректно.
Да, в этом слове выделяется приставка наи-.
Верно: содержатся в продолжении инструкции (в знач. "в следующей части").
Корректно: в районном детском саду.
См. ответ на вопрос № 256990.
Верно: кальмары жареные в томате (сначала пожарили, затем добавили томат); кальмары, жаренные в томате (прямо в томате их и жарили).
Если далее нет номера, нужно склонять: в соответствии со СНиПом.
Запятая не нужна.