Не должны. Употребление слова кофе как существительного среднего рода допустимо в непринужденной разговорной речи, причем на допустимость такого употребления словари указывают уже не одно десятилетие. Впрочем, согласование по мужскому роду от этого не перестает быть предпочтительным: вне обиходно-разговорной речи, в строго литературном употреблении кофе – слово мужского рода.

Да, следует поставить запятые.

Возможно, Ваш коллега использует обращение господа в ироническом ключе.

Действительно, это обращение не всегда уместно даже в деловой речи, только в особенно официальных случаях. А в примерах, которые Вы привели, не полностью соблюдается и стилистика деловой речи: обращение господа контрастирует с разговорными оборотами (например: ...какие-то непонятные задачи просроченные стоят).

Наречие днями уместно в непринужденной разговорной речи. В письменной речи его лучше не использовать.

Что касается Вашего запроса: в нем не хватает запятой перед пожалуйста; тире перед словом днями  и запятая после него не требуются; в конце первого вопроса недостает вопросительного знака; после слова вопрос следует поставить двоеточие.

Разница между словами стилистическая. Слово учение – более книжный вариант, сейчас его редко используют в непринужденной речи. А учеба – стилистически нейтральный, поэтому его используют и в непринужденной речи, и, например, в грамотах.

Таким образом, в грамоте могли бы написать за успехи в учебе, и это также было бы верно.

О падеже:  нужен творительный падеж (музеем). Слова заведующий, управляющий, командующий и т. п., по своему происхождению являющиеся причастиями, управляют творительным падежом.

Что касается рода, то мужской род уместен в строгой деловой речи (в приказе: назначить заведующим музеем Иванову...). В обиходной письменной и тем более устной речи верно: заведующая музеем.

Если авторские слова стоят внутри прямой речи, кавычки ставятся только в начале и в конце прямой речи. Не ставятся кавычки между прямой речью и авторскими словами. Правильно: «Жаль мне тебя, – сказала незажженная свеча своей зажженной подруге. – Короток твой век. Ты все время горишь, и скоро тебя не станет».

Форма мужского рода используется в строгой официальной речи в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу называемого лица. Например, в приказе: назначить заведующим кафедрой Иванову... 

В качестве общеупотребительной формы в обиходной письменной и особенно устной речи предпочтительна форма женского рода.

При прямом порядке слов согласуемое прилагательное предшествует существительному, поэтому сочетание Заполярная улица естественно для нашей речи, нормативно (ср. белая береза, ясное небо). Обратный порядок слов для подобных сочетаний тоже возможен. Часто родовое слово ставят перед прилагательным-названием в деловой речи, в номенклатурных перечнях, но встречается такой порядок и в текстах других стилей.