В кавычки заключаются не мысли, а слова, в которые эти мысли облечены. Проясните, пожалуйста, Ваш вопрос конкретным примером.
Вы правы: получается неудачное сочетание звуков. Вариант с предлогом у тоже неудачен, но уже грамматически. Чтобы избежать амфиболии, можно добавить к слову рукодельница определение.
Использовать кавычки или прописные буквы не требуется.
Предпочтительный вариант: И я еще раз задумалась: что значит стать подлинным учеником?
Правильно: я спросил, не хочет ли он спать. Частица не пишется в вопросительных предложениях (и придаточных со значением вопросительности) в сочетаниях не – ли.
Кавычки факультативны.
Возможны те и другие сочетания в зависимости от контекста. Например: возьми из ящика, возьми в другой комнате.
Кавычки не требуются.
Аббревиатура РСН обычно пишется без кавычек (но полное название радиостанции надо заключить в кавычки: «Русская служба новостей»).
Использовать кавычки не нужно.