В указанных Вами примерах нет оснований для постановки запятых.
В этом сочетании избыточности нет. См. толкование слова в «Большом толковом словаре русского языка» под ред. С. А. Кузнецова. Г. Н. Скляревская в словаре «Лексика современного русского православия» (СПб, 2016) пишет об ангелах так:
«Третий чин третьего лика Небесной иерархии; духовные (бесплотные) существа, наделенные волей и разумом, вестники Бога, через которых Бог возвещает людям Свою волю.
Ангелы были сотворены прежде человека и славословили Бога еще при сотворении видимого мира. Помимо Божиих Ангелов, существуют злые, отпавшие от Бога (в русской православной традиции написание «аггел»). См. также Аггел. Небесная иерархия. Падшие ангелы».
Вы правы в том, что слово амур / Амур может быть написано в зависимости от значения и с прописной, и со строчной буквы. Но основания всё же другие. Не существует вида мифологических существ амуры: в отличие от многочисленных сатиров и нимф, Амур был один – это собственное имя, имя бога любви. Правильно поэтому: изображения Амура в живописи (ср.: изображения Пушкина в живописи).
Но слово амур пишется строчными в значении 'скульптурное или живописное изображение бога любви': парк украшают многочисленные амуры (= скульптуры, изображающие Амура), на открытке красуются два амура (= два изображения бога Амура). Иными словами, значение нарицательного существительного – не 'мифологические существа', а 'изображения'.
1. Запятая не ставится. Возможно как слитное, так и раздельное написание. 2. Корректно без запятой в скобках.
Как представляется, вариант «Развитие дорожной сети» более всего соответствует смысловым задачам наименования программы.
Разберем написание и склонение на примере реальных названий звезд.
Главную трудность представляет собой написание слов альфа, бета, омега и др. — с прописной или строчной буквы? Авторы «Русского правописания с комментариями» Е. В. Арутюнова, Е. В. Бешенкова, О. Е. Иванова отмечают:
«В правилах и орфографических словарях была закреплена норма, сложившаяся в узусе к середине ХХ в., — писать порядковые обозначения светил, выраженные словом (альфа, бета, гамма и т. п.), со строчной буквы, напр.: альфа Малой Медведицы, бета Весов (см., например, [Правила 1956; Розенталь 1984; Правила 2006, РОС; Академос]). Однако данная норма оказалась неустойчивой, что отчасти было обусловлено малой известностью букв греческого алфавита дальше дельты. Постепенно в названиях звезд, а также в соотносимых с ними названиях метеорных потоков, первое слово стали писать по правилу с прописной буквы в текстах всех стилей: звезды Альфа Центавра, Дзета Кормы, Тау Кита, Омега Дракона, Ню Козерога; метеорные потоки Альфа-Центавриды, Дельта-Леониды, Гамма-Нормиды».
Что касается склонения, то в сочетаниях типа Альфа Центавра, Омега Дракона представлена такая синтаксическая связь: [звезда] Альфа (чего?) [созвездия] Центавра. При изменении главного слова зависимое слово не меняется: прибыл к Альфе Центавра, к Омеге Дракона; свет дошел от Альфы Центавра, от Омеги Дракона.
Наречие фактически не требует постановки знаков препинания. Поскольку в предложении оно находится между однородными подлежащими Миша и Вова с одной стороны и сказуемым братья с другой, тире в предложении не ставится (см. пункт 7 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): Миша и Вова фактически братья, так как с раннего детства росли вместе.
После оттого ставится запятая, если на это слово падает логическое ударение. В ином случае запятая не ставится.
Если объединить эти предложения, то принцип тот же. Если на оттого падает логическое ударение, то верно: ...а по принципам советской конторы оттого, что она, по сути, формировалась... Если оттого не выделяется интонацией, то верно: ...а по принципам советской конторы, оттого что она, по сути, формировалась...
Обратите внимание, что здесь не вполне ясно, какое слово заменяет местоимение она: группа или контора.