Корректно: самарский Минтранс, региональное Министерство транспорта и автомобильных дорог, областной Минтранс. 

В обоих примерах запятая перед тире не нужна.
 

Есть правило: внутри выражений фразеологического характера с двумя повторяющимися союзами и…и, ни…ни запятая не ставится: и день и ночь; и смех и горе; и стар и млад; и так и этак; и там и сям; и туда и сюда; ни бе ни ме; ни больше ни меньше; ни брат ни сват; ни взад ни вперёд; ни да ни нет; ни дать ни взять; ни два ни полтора; ни дна ни покрышки; ни днём ни ночью; ни жив ни мёртв; ни рыба ни мясо; ни за что ни про что; ни убавить ни прибавить; ни стать ни сесть и т. д.

Корректно с запятой: вернулся раньше, чем ожидали. Здеь сравнивается реальное время возвращения с ожидаемым. 

Вы правы, доля не может подавать предложения. Причастие подававших нужно согласовать со словом сотрудники. Правила русского языка не запрещают согласовывать причастие с зависимым словом словосочетания. 

Сочетание запятой и тире корректно: запятая закрывает придаточную часть сложноподчиненного предложения, тире выражает присоединительные отношения в бессоюзной конструкции. Отметим, однако, что более удачным решением здесь выглядит точка: Вернемся к Витгенштейну и к тем, кто на его взгляды оказал влияние. Это русские мыслители Л. Толстой и Ф. Достоевский.

Это прилагательное не зафиксировано нормативными словарями, и возможны два варианта его написания: слитное спутанноволокнистый, так как сложное прилагательное образовано от словосочетания, члены которого объединены подчинительной связью (спутанные волокна), и дефисное спутанно-волокнистый, так как с формальной точки зрения в первой части слова присутствует самостоятельный суффикс прилагательного. Мы бы рекомендовали второй вариант. 

Предпочтительным (с учетом смысловых особенностей высказывания) представляется такой вариант: Одной из первых посетительниц нового адаптивного пляжа стала российская спортсменка, призер летних Паралимпийских игр – 2020. Если по каким-либо причинам (например, стилистическим) важно сохранить типовую грамматическую формулу, то следует принять во внимание мужской род существительного посетитель: Одним из первых посетителей...
 

Верно: Бахова фуга. Имена прилагательные, образованные от личных имен, фамилий, кличек при помощи суффиксов −ов (−ев) или −ин и обозначающие индивидуальную принадлежность, пишутся с прописной буквы.

Написание Северо-Байкальский употребляется в составе имен собственных, например в названии административно-территориальной единицы Северо-Байкальский район (в Бурятии). В других случаях прилагательное, образованное от сочетания Северный Байкал, пишется слитно и со строчной буквы: северобайкальская природа. Существует также прилагательное Северобайкальский, которое употребляется в составе наименований, относящихся к городу Северобайкальску: Северобайкальский городской суд.