Отглагольное прилагательное неконопаченый образовано от глагола несовершенного вида конопатить. Наличие приставки не не влияет на его написание (см. параграф 99 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Согласно «Большому орфоэпическому словарю русского языка» оба варианта верны.
В русском языке есть некоторое количество прилагательных, которые образованы от основы на н, но без суффикса -н-, поэтому они пишутся с одной буквой н: зелёный, поганый, пряный, румяный, свиной, синий, юный, фазаний, бараний, олений, тюлений.
Исторически румяный восходит к тому же корню, что и руда, рдеть. Исходное рудменъ 'рдяный, красный' превратилось в румяный после упрощения дм в м, а суффикс -ен- перешел в -ян- под влиянием слов типа багряный.
