Верно: в подтверждение выданных ранее сертификатов.
Запятая не нужна. Деепричастный оборот не обособляется, если деепричастие имеет в качестве зависимого слова союзное слово который в составе определительной придаточной части сложноподчиненного предложения (такое деепричастие от придаточной части запятой не отделяется; запятая ставится только перед деепричастием).
Точка в конце предложения ставится одна: Контроль за исполнением возложить на Иванова И. И.
Корректно раздельное написание.
Запятая нужна.
Имеется в виду режим работы этого пункта или что-то другое?
Нужно согласовать определение с определяемыми словами: контроль за организациями и подразделениями (какими?), занятыми в реализации проекта.
Постановка запятой перед когда необязательна.
Запятая не ставится.