Кавычки не требуются: В саму услугу А-класса входит множество аспектов.
В кавычки заключаются не мысли, а слова, в которые эти мысли облечены. Проясните, пожалуйста, Ваш вопрос конкретным примером.
Здесь сочетание в конце концов значит «после всего, в завершение, напоследок», запятая при нем не ставится.
Вы правы: получается неудачное сочетание звуков. Вариант с предлогом у тоже неудачен, но уже грамматически. Чтобы избежать амфиболии, можно добавить к слову рукодельница определение.
Сочетание отдача приказа используется в деловой и профессиональной речи. Представляется приемлемым и вариант: бездействие или преступный приказ во время вооруженного конфликта.
Кавычки не требуются.
Аббревиатура РСН обычно пишется без кавычек (но полное название радиостанции надо заключить в кавычки: «Русская служба новостей»).