Микроорганизм — неодушевленное существительное, поэтмоу верно: устранять вредоносные микроорганизмы.
Приведенный пример корректен.
В данном случае варианты равноправны.
Сочетание соглашение определено неверно.
Форма мужского рода предпочтительна в строгом деловом стиле, в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу. Например, в приказе: заведующим детским садом назначить Иванову. В обиходной письменной и тем более устной речи предпочтительна форма женского рода: заведующая детским садом Иванова.
С лингвистической точки зрения такая формулировка некорректна. Вместо предлога "от" следует сказать "при помощи".
Верен второй вариант.
Пример делового письма см. в «Письмовнике».
См. в «Письмовнике».
