В неофициальных текстах, в том числе в научных статьях, слово президент как название должности принято писать со строчной буквы, однако в последнее время, особенно в текстах юридической направленности, очевидна тенденция к использованию в сочетании Президент Российской Федерации прописной буквы. Это не ошибка, но лучше все-таки использовать строчную букву, особенно если в тексте упоминаются другие президенты. 

Слово указ в неофициальных текстах пишется со строчной буквы.

См. также 270300, 280191.

В данном случае правила как такового нет. Можно говорить о синтаксических нормах современного русского языка, которые предполагают, что при нейтральном словопорядке в субстантивных словосочетаниях определяющее предшествует определяемому, что ярче всего проявляется в сочетаниях «прилагательное + существительное» (голубое небо, но не небо голубое). Та же тенденция реализуется и при сочетании личного имени с т. н. аппозитивным определяющим (приложением): художник Смирнов, сантехник Петров, президент Сидоров. Ср. утверждение из «Русской корпусной грамматики»: «В прототипических аппозициях с именем собственным типа поэт Иванов базовый порядок в русском языке предполагает предшествование сортового имени имени собственному» (раздел написан Н. Н. Логвиновой). При этом предполагается, что в прошлом случаи постпозиции приложения были гораздо более распространены, следами чего являются сочетания типа Максим Грек, Николай Чудотворец и т. п.

Действительно, вопрос нетривиальный. С читательской точки зрения, как нам кажется, лучше будет восприниматься такое заглавие: Русский (остров). Ведь в традиционном, бумажном издании читатель искал бы статью на букву "Р", значит, с нее и должно начинаться заглавие. А скобки отражают современное употребление: чаще приходится слышать сочетание остров Русский, чем Русский остров.

Напротив, такие сочетания, как Крысий остров, Большое Медвежье озеро (употребляющиеся именно с таким порядком слов), разумно писать без скобок, оставляя слова остров, озеро. Сравните: в традиционной энциклопедии – БСЭ – статья называется Большое Медвежье озеро, нет причин отказываться от такого представления заголовочного слова и в Википедии.

Знаки препинания расставлены верно: пояснение или садовую землянику обособляется.

Количество определений, стоящих в препозиции по отношению к определяемому слову, не влияет на постановку запятых.

У Вас с начальником счет 1:1 :) Правильно: неполучением и в течение.

А. Мы бы выбрали третий вариант.

Б. Если указание на год относится к словам, включенным в причастный оборот, то запятая не ставится.