Такое несоответствие, действительно, есть. Пункт «Правил русской орфографии и пунктуации», в котором говорится о необходимости писать первая мировая война, вторая мировая война строчными буквами, устарел и не соответствует современной письменной норме (рекомендация писать эти сочетания строчными во многом была обусловлена идеологическими причинами); сегодня словари фиксируют Первая мировая война, Вторая мировая война. Но вот только устаревшим источник назвать нельзя: «Правила русской орфографии и пунктуации», принятые в 1956 году, по-прежнему являются официально действующим сводом правил русского правописания.

Такое недоразумение – официально действующие правила правописания, в ряде случаев значительно отстающие от современной практики письма, – можно устранить только одним способом: утвердить в качестве официального обновленный свод правил (никаких революций и реформ, разговорами о которых любят нас пугать работники СМИ,  при этом не потребуется: достаточно всего лишь сформулировать заново некоторые – немногочисленные! – пункты правил правописания, исходя из потребностей сегодняшего дня). Работа над новым сводом правил русского правописания была начата около 10 лет назад, но потом была приостановлена на неопределенный срок по независящим от лингвистов обстоятельствам.

Действительно, в некоторых словах историческая приставка с- (со-) в современном русском языке может не выделяться, если утрачена структурно-смысловая связь с родственными словами без этой приставки. Так, А. Н. Тихонов в своем «Морфемно-орфографическом словаре» не выделяет приставку в словах созерцание, созерцать, так как в русском языке нет глагола зерцать, глагол созерцать непроизводный. Но в том же словаре выделена приставка в словах сотворение, сотворить, так как последнее образуется от глагола творить. Иной подход к морфемному членению слов, учитывающий ощущаемые носителями языка исторические смысловые связи, позволяет выделить приставку и в слове созерцать (см., например, ресурс «Портрет слова» на сайте Национального корпуса русского языка или «Орфографическое комментирование русского словаря»). На нашем портале морфемный состав многих слов показан в конце статей «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. И в заключение заметим, что приставка с- (со-) имеет разные значения, они описываются в толковых словарях. Наиболее подробное словарное описание можно прочитать в «Большом академическом словаре русского языка». 

Правда — что слово кофе можно употреблять в разговорной речи как существительное среднего рода, неправда — что средний род теперь стал допустимым. Слово кофе существует в русском языке с середины XVII в., и уже тогда было возможно согласование по среднему роду. В XVIII, XIX и начале XX в. мужской и средний род конкурировали, не имея стилистических различий. Только ближе к 40-м годам XX в. установилось, что мужской род — эталон, а средний род — допустимое разговорное употребление. В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (Т. 1. М., 1935): кофе, нескл., м. и (разг.) ср. Эта нормативная оценка сохраняется вот уже почти сто лет.

См. подробнее: 

Кузнецова И. Е. Я мол кагве не буду пить, у нас мол на Руси нѣт этаго питья (о роде слова кофе в истории русского языка). Русская речь. 2020. № 4. С. 54—64.

Гурьянова С. А. В начале было кофе. Лингвомифы, речевые «ошибки» и другие поводы поломать копья в спорах о русском языке. М., 2023. 

Согласно правилу отрицание не пишется слитно, если после не, имеющего отрицательный смысл, следует часть слова, отдельно (без не) в качестве самостоятельного слова не существующая: нездоровиться, несдобровать и т. п. С (не)поздоровиться как будто бы такая же ситуация, однако у правила есть примечание: по традиции пишутся раздельно не поздоровиться, не преминуть, не обессудь(те), не обинуясь. Возможно, это связано с тем, что глагол поздоровиться все-таки может употребляться самостоятельно, хотя и в редких случаях, например: Тогда же посмотрю, поздоровится ли русской литературе [А. В. Дружинин. Письма иногороднего подписчика о русской журналистике (1849)]; ...«аналогия» с «загнивающим» капитализмом была бы полная, но от этой «аналогии» вряд ли поздоровится «социалистическому накоплению» [Н. И. Бухарин. Новое откровение о советской экономике или как можно погубить рабоче-крестьянский блок (1924)]; Рассказывал, как шел, голодал, служил банщиком, многое путал, так что если бы он рассказал так следователю, который допрашивает партизан, перешедших фронт, вряд ли бы Петру Лазаревичу поздоровилось [Вс. В. Иванов. Дневники (1940-1948)] и др. 

Простые и сложные предложения различаются по числу грамматических основ. Так, первое из приведенных предложений простое, осложненное пояснительной конструкцией, в нем грамматическая основа — я хотел. Сочетание поскорее добраться домой не образует отдельную грамматическую основу, а слово одного обязательно требует пояснения значения, что предполагает постановку тире. Впрочем, в примечании к параграфу 82 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина есть допущение: «В подобных случаях при более подчеркнутом пояснении может употребляться и двоеточие».

Второе предложение бессоюзное сложное, в нем две грамматические основы — я вынес и нельзя нарушать. Соответственно, к нему применяются правила пунктуации в БСП, в частности правило о выражении пояснительных отношений с помощью двоеточия: Из беседы с экологом я вынес для себя самое главное: человеку нельзя нарушать природное равновесие. Заметим, что тире в таком случае также не будет ошибкой (см. примечание 2 к параграфу 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина). 

В русском языке нет единого, чётко закреплённого правила для передачи всех названий азиатских блюд — встречаются и слитные, и дефисные, и раздельные написания. Это связано с особенностями транслитерации, традициями и устоявшимися вариантами. Обычно принято писать через дефис пад-тай и том-ям (хотя встречается и раздельное написание, но дефис считается более привычным). Слова гунбао и кунгпао чаще пишутся слитно, но иногда можно встретить и вариант с дефисом (гун-бао), особенно если пишущему хочется подчеркнуть составные части китайского слова. Слово фобо пишется слитно, что подтверждается словарями и справочными службами. В русском языке довольно гибкие правила передачи экзотических названий, они зависят от рекомендаций лингвистических справочников и словарей, степени освоенности слова в языке, структуры исходного слова, его фонетических особенностей (иногда дефис помогает избежать труднопроизносимых сочетаний). При принятии решения ориентируйтесь на словари и авторитетные источники. Если слово не зафиксировано в словарях и справочниках, предпочтительнее тот вариант, который чаще встречается в СМИ и литературе, а также тот, который облегчает чтение и произношение.

Интересный случай, не описанный правилами. «Правила русской орфографии и пунктуации» 1956 года указывали, что нельзя оставлять в конце строки или переносить в начало следующей две одинаковые согласные, стоящие между гласными (отмечалось, что это правило не относится к начальным двойным согласным корня, например: сожженный, поссорить, а также к двойным согласным второй основы в сложных словах, например: нововведение).

Полный академический справочник «Правила русской орфографии и пункутации» под ред. В. В. Лопатина (2006) снял слова «стоящие между гласными» и добавил пример рус-ский, где после удвоенных согласных следует еще одна согласная. Формулировка правила здесь такая: «Разбиваются переносом удвоенные согласные, входящие в корень или образующие стык корня и суффикса».

Примеров, где после удвоенных согласных следует группа согласных, да еще и начинающих вторую часть иноязычного слова, в правилах нет. Формулировка полного академического справочника позволяет считать верным перенос Вит-тштaйн. Но лучше постараться избежать ситуации, при которой это слово потребовалось бы переносить.

Как произносится фамилия, решает носитель этой фамилии. В именах собственных буква ё используется непоследовательно, строгой регламентации ее употребления нет. Поэтому фамилия Алехин может быть прочитана и как А[л'э]хин, и как А[л'о]хин.

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года такая орфографическая ситуация прямо не оговаривается, хотя есть правила, под которые можно было бы подвести написание имен собственных:

«Буква ё пишется в следующих случаях:

1. Когда необходимо предупредить неверное чтение и понимание слова, например: узнаём в отличие от узнаем; всё в отличие от все; вёдро в отличие от ведро; совершённый (причастие) в отличие от совершенный (прилагательное).

2. Когда надо указать произношение малоизвестного слова, например: река Олёкма.

В справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник» под ред. В. В. Лопатина букву ё в именах собственных рекомендуется писать, но о ее обязательности не говорится:

«В обычных печатных текстах буква ё употребляется выборочно. Рекомендуется употреблять ее в следующих случаях.

3. В собственных именах — фамилиях, географических названиях, напр.: Конёнков, Неёлова, Катрин Денёв, Шрёдингер, Дежнёв, Кошелёв, Чебышёв, Вёшенская, Олёкма».

Слова «ударение не фиксированное» означают, что в русском языке нет такого правила, согласно которому ударение во всех словах, во всех формах слова, всегда падает на какой-то один слог. Например, в чешском языке ударение фиксированное: оно всегда на первом слоге. И во французском языке ударение фиксированное: оно всегда на последнем слоге. В русском языке ударение не фиксированное, оно свободное, или разноместное: может падать на первый слог (дача), на второй (корова), на третий (проводница)... на последний (виолончелист).

Однако наше ударение не только свободное, но еще и подвижное: в разных формах одного и того же слова может падать на разные морфемы. Например, в слове флаг ударение во множественном числе остается на корне (флаги), а в слове враг – переходит на окончание (враги). Или как в приведенном Вами примере: рука – руку (ударение в винительном падеже переходит на корень), но пила  – пилу (ударение в винительном падеже остается на окончании). Именно поэтому какие-либо аналогии здесь «не работают». Во всех спорных случаях следует обращаться к словарям, они фиксируют литературную норму. Норма современного русского языка: рубит, но звонит.

Концепт – модный сейчас термин, под ним понимают и смысл слова, значимый для определенной культуры, менталитета, и связь между звучанием и значением слова, сложившуюся в индивидуальном сознании каждого отдельного человека. Распространенность и в то же время малопонятность этого термина вызывают и ироническое к нему отношение. Например, вот что пишет об этом слове известный прозаик и критик, профессор МГУ В. И. Новиков в только что вышедшем из печати «Словаре модных слов» (М.: Словари XXI века, 2016):

«Латинское слово conceptus означает "понятие". Это и есть простой русской эквивалент для "концепта".

Однако не все стремятся к простоте. "Она всего нужнее людям, но сложное понятней им", – сказано у Пастернака.

Профессиональные гуманитарии словечка в простоте не скажут, они предпочитают изготавливать сложные языковые коктейли. Вот наглядный пример: где-то была статья на тему "Концепт водка в русской культуре". Речь там шла о самом слове водка и его жизни в языке, о соответствующем литературном мотиве, об образе "зеленого змия" в искусстве. "Концепт" в таком употреблении – то ли слово, то ли понятие, то ли образ, то ли мотив.

Хамелеонистый какой-то термин, собственной устойчивой окраски не имеет».