Запятая ставится во всех случаях.

Правильно: на 9 тысячах квадратных метров. Слово тысяча грамматически выступает как существительное и всегда управляет зависимым словом. Иначе говоря, существительное, зависимое от слова тысяча, ставится в форму родительного множественного. Этим слово тысяча отличается от количественных числительных, которые в косвенных падежах согласуются с существительными, а не управляют ими: на девятистах квадратных метрах. В последнем случае слово девятьсот принимает ту же форму, которую имеет слово метр, и в этом смысле ведет себя так же, как прилагательное квадратный. Подробнее об употреблении числительных и, в частности, об особенностях поведения слова тысяча см. в «Письмовнике».

Надо поставить еще две запятые – после слова проверить в первом предложении и после слова требованиям во втором.

Обороты с предлогом помимо (в значении «кроме»), выполняющие в предложении функцию дополнения, обычно выделяются знаками препинания: В конце концов мы порешили, помимо шампанского, абонировать для него кресло в театре, утроить жалованье, купить ему вороных, еженедельно отправлять его за город на тройках – все это в счет Общества. (А. Чехов, Единственное средство). Однако допускается и невыделение запятыми оборотов с предлогом помимо в значении «кроме»: Категория эта кажется нам ее собственным, а не нашим, состояньем. Помимо этого состоянья все на свете названо. (Б. Пастернак, Охранная грамота). Если же оборот с предлогом помимо выступает в функции обстоятельства образа действия, то запятые не ставятся: Презирая убогого маляра, я восхищался этим единственным портретом, словно родившимся помимо желания его творца. (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов).

Обороты с предлогом кроме выделяются знаками препинания факультативно. Как правило, оборот с предлогом кроме выделяется, если предлог можно заменить словами «исключая, не считая чего-либо»: Ничья судьба, кроме своей собственной, вас более не интересует. (М. Булгаков, Мастер и Маргарита). Запятые могут не ставиться, если предлог кроме имеет значение «дополнительно, вдобавок к чему-либо»: Достопримечательностью главной комнаты кроме рояля было громадное полотно в тяжелой позолоченной раме, написанное неизвестным художником… (Б. Окуджава, Путешествие дилетантов). Однако практика письма показывает, что и при таком значении предлога постановка запятых возможна.

Таким образом, во всех случаях окончательное решение о постановке / непостановке запятых принимает автор текста.

Возможны оба варианта.

Артемий Лебедев абсолютно прав в том, что писать вы с большой буквы при обращении к нескольким лицам недопустимо. Написание Вы в названии магазина «Все для Вас» и в рекламных словах «...потому что Вы можете себе это позволить» – орфографическая ошибка.

Однако слова Артемия Андреевича «Вы всегда пишется с маленькой» излишне категоричны. Словари и справочные пособия по правописанию рекомендуют писать Вы для выражения вежливого обращения к одному лицу в текстах следующих жанров: а) личные письма; б) официальные документы, адресованные одному лицу (заявления, служебные записки и пр.); с прописной Вы также пишется в анкетах. Подробнее о рекомендациях словарей и справочников см. в «Письмовнике».

Неясно, кто такие мы в данном предложении, поэтому ответить на вопрос о пунктуации затруднительно.

Вы написали правильно. ГБУЗ — аббревиатура, она пишется заглавными буквами; ее расшифровка государственное бюджетное учреждение здравоохранения не является индивидуальным названием, она указывает на тип организации и пишется строчными буквам. 

1. См. Розенталь Д. Э. «Справочник по русскому языку. Пунктуация» (§ 36). 2. Правильно.