Это одно из особых грамматических свойств количественных числительных. См., в частности, учебник Е. И. Литневской:

«Количественные числительные характеризуются особой сочетаемостью с существительными.

Целые и собирательные числительные сочетаются с существительными следующим образом: в И. п. (и В. п. при неодушевленных существительных) числительное является главным словом и управляет существительным, требуя его постановки в Р. п. единственного числа (при числительных два, три, четыре) или множественного числа (при числительных пять и далее). В остальных падежах главным является существительное, а числительное с ним согласуется, например:

два (И. п.) стола (Р. п. ед.ч.)
двух (Р. п.) столов (Р. п. мн. ч.)
двум (Д. п.) столам (Д. п. мн. ч.)
двумя (Т. п.) столами (Т. п. мн. ч.)
(о) двух (П. п.) столах (П. п. мн. ч.)»

Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.

Грамматически верно: в мозг красна молодца.

Знаки препинания расставлены верно.

Выслушивание гимна - неудачное сочетание.

Верно: контроль над ЖКХ.

Обратите внимание, что вне контекста это сочетание не передает указанного Вами смысла, требуется пояснение в тексте.

Такое употребление возможно: родиться – двувидовой глагол, т. е. он может употребляться и как глагол совершенного вида (что сделать?), и как глагол несовершенного вида (что делать?).

Имеются в виду все личные местоимения, включая мы, ты и вы.

Если к человеку обращаются по имени, отчеству и фамилии, что традиционно для официального общения, при этом уважительно и вежливо по отношению к собеседнику, необходимость использовать слова господин или гражданин отсутствует. Напротив, формат сокращенного обращения, когда имя и отчество адресата не названы, допускает употребление подчеркнуто официальных слов господин или гражданин в сочетании с фамилией или с наименованием должности. Едва ли есть какие-либо основания расценивать обращение с одним из этих слов как оскорбительное, но несомненно то, что следует уделять особое внимание форме официального обращения к адресату и отчетливо представлять, какое и когда может быть уместным, а у какого есть все шансы быть воспринятым критически или даже иронично.