В первом предложении запятые не нужны, второе мы бы перестроили: Начнем с известного духовного писателя Андрея Николаевича Муравьева, товарища юности Тютчева.
Этому вопросу посвящена статья в рубрике "Письмовник": 90">http://www.gramota.ru/spravka/letters/?rub=rubric90.
Всё верно. Правило очень простое: предлог об в предложном падеже употребляется со словами, начинающимися гласными, предлог о – со словами, начинающимися согласными. Буквы Е, Ё, Ю, Я обозначают в начале слова два звука: согласный звук [j] и гласный звук соответственно [э], [о], [у], [а], т. е. имена Егор, Юлия, Яна начинаются с согласного звука [j], поэтому перед ними употребляется предлог о.
Запятая не требуется. Название должности генеральный директор пишется строчными.
Корректно недосказанность обозначать многоточием: Он ведь был у ме... у Андрея.
Предпочтительно: за исключением Москвы и Санкт-Петербурга. Без "городов".