Верно раздельное написание, без дефиса.
Счетная форма Р. п. мн. ч.: бит. Например: 56 бит, но 44 бита
Правильно: Обращает на себя внимание тот факт, что такие источники поступления доходов, как сбор за выдачу разрешений, не предусмотрены статьей 133.
Для написания через дефис оснований нет, следует писать раздельно.
Запятые в этом предложении не нужны.
Да, следует поставить запятые.
Употребление тире при деепричастном обороте не кодифицировано справочниками, однако встречается в практике письма. Специалист по русскому деепричастию О. М. Чупашева в одной из статей отмечает, что с помощью тире пишущий актуализирует уступительные, условные (как в Вашем примере), временны́е, противительные отношения деепричастного оборота с остальным предложением. Такое употребление тире вполне уместно.
