Тире здесь излишне, ведь прямая речь уже заключена в кавычки.
Такое местоимение, дублирующее подлежащее, с логической точки зрения является избыточным, и литературная норма не разрешает такие построения. Однако на практике этот запрет действителен только в отношении письменной нормативной речи. В устной речи, особенно неподготовленной, такие построения частотны, что легко объясняется с точки зрения процесса порождения высказывания. Говорящему легче сначала обозначить предмет речи (Машина), и это происходит еще до того, как у него готов план всего высказывания в целом. Когда же план сформирован, возникает «второе местоименное» подлежащее, потому что о первом говорящий уже как бы забыл. В коммуникативно-прагматической лингвистике такие высказывания называют конструкциями с выносом топика влево (топиком является Машина). Топик не обязательно совпадает с грамматическим подлежащим, ср.: А вот от Сережки — от него я давно ничего не слышал. Конструкции с выносом топика влево частотны и в устной неподготовленной речи носителей нормы, в том числе самых высококвалифицированных. В спонтанной устной речи они допустимы.
Правилен первый вариант: ...тихо, но с раздражением сказал он. Союз но связывает здесь два однородных обстоятельства.
Запятая после и не нужна.
Запятая нужна.
Да, запятая обязательна: Она хотела знать, что он обо всем этом думает.
При прямом порядке слов (сказуемое следует за однородными подлежащими) обычно употребляется форма множественного числа сказуемого: он или она сделали что-л.
Между частями предложения лучше поставить двоеточие: Посадил он перед подъездом маленький саженец и сказал соседям: если они не будут трогать дерево, то все у них будет хорошо.
Это пояснительная конструкция, внутри неё знаки не нужны. Например: Ваня, он же Иван, расскажет вам об этом.