В данном случае необходимо использовать предлог «с», поскольку Мальта - это островное государство, и, выезжая с него, мы покидаем его территорию. Если же речь идет о выезде из города Мальта, то в этом случае используется предлог «из».
Корректно: меньшее (число) альфа, меньшую альфу.
Это существительное женского рода. Правильное написание: альма-матер.