Слова том-ям еще нет в нормативных словарях, пока никто не может уверенно говорить о его правильном написании. Мы можем лишь наблюдать и фиксировать тенденции, которые показывают, что с 2007 года, когда Грамотой был дан ответ № 231511, в употреблении закрепилось дефисное написание названия супа. Использование кавычек и прописной буквы возможно на ценнике, в меню и т. д. (там, где название используется как торговое, особенно в сочетании с родовым словом). В бытовой речи кавычки и прописная не нужны.

В этом фрагменте из романа М. Ю. Лермонтова «Герой нашего времени» двоеточие действительно поставлено не в соответствии с его современной функцией. В первой половине XIX века, когда создавался роман, двоеточие в русской пунктуации еще не приобрело узкую функцию знака, предупреждающего о том, что далее следует объяснение или конкретизация. Сегодня в контексте, аналогичном приведенному, на месте двоеточия уместна скорее точка. 

В спорте не так много дисциплин, где время фиксируется с часами. Марафон, спортивная ходьба... Но и там крайне редко прибегают к фиксации десятых и сотых секунды. На сайте Международной федерации легкой атлетики записано: 2:36:1,2 (часы, минуты, секунды, десятые). Когда результат записывается до сотых секунды, начинают с минут: 7:52,11.

Верно: Там говорится о маминой заботе, сострадании и готовности прощать. Определение, относящееся к двум или нескольким существительным, ставится в форме единственного числа, если по смыслу сочетания ясно, что определение относится не только к ближайшему существительному, но и к последующим. Об этом и других случаях см., например, в пособии Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой.

Сочетание (да) что там в описанном Вами значении является усилительной частицей, не требующей обособления. Сравним примеры из «Словаря сочетаний, эквивалентных слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003): — Что там медали! Мы и сами гляди как потускнели, поистратились, — заметил Фёдор (Носов. Шопен, соната номер два). Знаешь, у меня какое лесничество? Двести сорок тысяч га! Мне за год не обойти это царство. Да что там за год! (Абрамов. Сосновые дети).

Здесь возможны оба варианта — с двоеточием и без. В примечании к параграфу 50 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя говорится: «Подлинные выражения, вставленные в текст в качестве элементов предложения, выделяются кавычками, но двоеточие перед ними не ставится» (в качестве примера приводится несколько предложений, в частности Он вспомнил пословицу «За двумя зайцами погонишься — ни одного не поймаешь» и отказался от первоначального плана) — и там же указывается, что «если перед подлинным выражением имеются слова предложение, выражение, надпись и т. п., то перед ними ставится двоеточие» (например, Над воротами возвысилась вывеска, изображающая дородного амура с опрокинутым факелом в руке, с подписью: «Здесь продаются и обиваются гробы простые и крашеные…»).

Действительно, если поставить двоеточие после сочетания бумагу с приказом, получится, будто следующая реплика — это слова директора, поэтому здесь нужна точка. Заметим также, что первая часть реплики воспринимается как принадлежащая Юре, поскольку с этого имени начинаются авторские слова. Сообщение о том, что Юра кричит, нужно перенести в другое место текста, чтобы прямая речь однозначно воспринималась как принадлежащая Насте: «Так экзамен будет завтра? — Настя спокойно кивает в сторону директора — тот как раз несёт бумагу с приказом. — Ты в школе-то был?..» Сочетание бегал, вопил, всем жаловался оформляется как ряд однородных сказуемых, обозначающих три раздельных действия.

Словам последний и крайний посвящена специальная статья на нашем портале.

Иносказательное выражение содержит в себе иносказание, тайный, скрытый смысл, аллегорию. Нужно там, где требуется уклониться от прямого высказывания, сделать высказывание многозначным, заставить читателя размышлять, анализировать и расшифровывать скрытые значения.

Знаки препинания расставлены правильно.