Согласно "Большому толковому словарю", скотоложство - вид полового извращения: удовлетворение полового чувства путем совокупления с животным.

Большой толковый словарь, которым Вы пользуетесь на портале, – это авторская редакция словаря, вышедшего под грифом Института лингвистических исследований РАН. Подробнее см. здесь. 

Слово спанье, которое использовано в словарной статье «кровать», разговорное, но разговорная лексика является одной из лексических подсистем литературного языка. И толкование слова кровать с использованием существительного спанье можно назвать лексикографической традицией. Такое толкование можно найти в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1935-1940), в словарях С. И. Ожегова и Н. Ю. Шведовой, в «Большом академическом словаре». 

«Древнее образование Ра» – не приставка и не корень, а плод фантазии людей, не имеющих никакого отношения к науке о языке и плохо знающих его историю. Подробнее см. здесь.

Согласно «Большому толковому словарю русского языка» под редакцией С. А. Кузнецова, одно из значений глагола присутствовать – иметься в ком-л., чем-л., где-л. (В статье присутствуют новые идеи). Поэтому приведенный пример корректен.

Это обыденные, грубоватые слова, часто разговорная, сниженная лексика (например, тащить при нейтральном нести).

В обычных текстах правильно: Священный синод и Синод (если это слово выступает вместо сочетания Священный синод).  В церковных текстах принято написание Священный Синод (на что и указывает словарь православной лексики).

Ненормативная лексика, безусловно, является частью языка, но не является частью литературного языка, а потому вы не найдете ее в словарях литературного языка (в том числе размещенных на нашем портале). Иными словами, она потому и называется ненормативной, что не фиксируется нормативными словарями.