Запятые не нужны: причинен ущерб на сумму превышающую 5 млн рублей. Определительный оборот не обособляется, если определяемое слово само по себе не выражает нужного смысла и нуждается в определении. Не имеет смысла сочетание причинен ущерб на сумму.

Имя Шура само по себе, вне зависимости от его генетической связи с именами (Александр, Саша, Сашура), состоит из корня Шур- и окончания -а, а имя Шурик — из корня Шур-, суффикса -ик- и нулевого окончания.  

Правила, требующего не использовать кавычки при написании названий латиницей, не существует. Обычно названия, набранные латиницей, кавычками не выделяются, так как латиница — уже само по себе достаточно сильное средство выделения в кириллическом тексте. Однако исключение могут составить те случаи, когда без кавычек границы названия неясны и когда нужно оформление названий сделать единообразным. Именно последнее и можно наблюдать в приведенном нами примере: Я прочитал роман Чернышевского "Что делать?".; Я прочитал книгу Пелевина «Transhumanism Inc.». 

Глагол нанизать требует обязательной зависимой конструкции что на что. 

Выражение как по команде, выполняющее фукнцию обстоятельства образа действия, фразеологическое, оно синонимично наречию разом и само по себе не требует обособления. Находясь в конечной позиции, оно, как и любой другой второстепенный член, может приобретать характер присоединительной конструкции; смысловым центром предложения в этом случае будут сказуемые обернулись и поклонились, а обстоятельство как по команде будет нести добавочную информацию. Такие конструкции отделяются тире:  Ребята обернулись и поклонились — как по команде.

Несогласованное определение из числа желающих не обособляется: определяемое нарицательное существительное лица само по себе не способно полноценно выразить смысл в данном контексте. См. примечание к параграфу 54 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).

Обстоятельство в Москве само по себе достаточно конкретно, а потому не нуждается в уточнении, следовательно, обстоятельства на Красной площади и на улице Мира не требуют обязательного обособления. В то же время подобные обстоятельства можно счесть уточняющими и прочитать предложения с соответствующей интонацией. Таким образом, в этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).

Обстоятельственное сочетание в семье потомственных физиков можно считать уточнением обстоятельства в Дубне (уточнение — это переход от более широкого понятия к более узкому); в этом случае логическое ударение будет нести как одно, так и другое обстоятельство. Однако обстоятельство в Дубне само по себе достаточно конкретно, а потому в обязательном уточнении не нуждается. Без запятой логическое ударение будет нести только обстоятельство в семье потомственных физиков.

Само по себе наличие частицы даже не указывает на то, что слово или сочетание, к которому она относится, следует обособить. Другое дело, что эта частица во многих случаях относится к присоединительным членам предложения, и в справочниках приводятся соответствующие примеры. В Вашем примере имеется два обстоятельства, второе из которых (после праздников) конкретизирует первое (никогда) и действительно является присоединительным: Желаем такого новогоднего настроения, которое никогда не закончится, даже после праздников. 

Подобные конструкции допускают двоякое прочтение. Считать ли сочетание в разделе таком-то уточняющим обстоятельством к сочетанию на сайте (которое само по себе достаточно конкретно), зависит от решения автора. См. также ответ на вопрос 311880.