Верен первый вариант.
Корректно слитное написание.
В справочнике Д. Э. Розенталя «Управление в русском языке» (М., 2003) варианты исчисляться чем и во что приведены как равноправные.
1. Верно раздельное написание. 2. См. здесь.
По возможности следует использовать именительный падеж, особенно если указываются многозначные цифры; составное числительное в форме родительного падежа трудно воспринимается при чтении.
Лучше так: Сумма долга, прощенного работнику, не облагается страховыми взносами.
Лучше (т. к. направляются средства): сумма средств, направленных.
Тире поставить можно, а вот оборот "сумма товара" некорректен.