Вероятнее всего, это неудачное сочетание. Но лучше оценивать правильность выражения в контексте.
Обе формы сказуемого возможны.
Ваш вариант постановки знаков препинания соответствует правилам русской пунктуации. Правда, если первые две части разделены запятой, выражающей перечислительные отношения, получается, что последняя часть содержит следствие не только из второй (ты пришла), но и из первой части (без тебя душа болела), а это явно противоречит общему смыслу высказывания. Для более точного выражения смысла рекомендуется отделить первую часть точкой: Без тебя душа болела. Ты пришла — и всё прошло.
Такие образования разговорны.
Предпочтительно согласование во мн. ч.
Возможны оба варианта. Но более употребительно: прошли годы.
Предпочтительно: прошло.
