В значении "без вентиляции" – в отсутствие вентиляции.
В значении "без работы" правильно в отсутствие работы.
Правильно: в отсутствие веры (т. е. при отсутствии), но: упрекнуть в отсутствии веры.
Подлежащее — отсутствие.
Если говорить только об орфографии и не обращать внимания на стилистическую несогласованность (канцелярское в отсутствие... и разговорное шоколадка в одной фразе; кроме того, в отсутствие обычно указывает на лицо), то возможны оба варианта в зависимости от значения и контекста. Ср.: В отсутствие в кармане пиджака шоколадки приходится закусывать чипсами и В отсутствии в кармане пиджака шоколадки он не видел ничего страшного.
Правильно: в отсутствие.
Правильно: Решение принимается аттестационной комиссией в отсутствие аттестуемого работника. В отсутствие — предлог, в основе которого форма винительного падежа существительного отсутствие.