Если речь идёт о живом существе, то Я вижу клона.
Если имеется в виду неодушевлённый предмет (например, сайт-клон или приложение-клон), тогда Я вижу клон.
В первом случае возможно и слитное, и раздельное написание не; в составе конструкций, усиливающих отрицание, не пишется раздельно: Я отнюдь не права.
Тире не нужно. Верно: Я пас.
Это несколько разные случаи. Сочетание я думаю во втором примере вводное, выражающее неуверенность говорящего: Я думаю, я понимаю тебя. В первом примере сочетание я знаю можно понять как вводное, подчеркивающее уверенность говорящего (вводное сочетание легко меняет позицию, сравним: Ты, я знаю, хочешь), а можно — как первую часть бессоюзного сложного предложения с изъяснительными отношениями, которая прочитывается с интонацией предупреждения; в этом случае нужно двоеточие: Я знаю: ты хочешь.
Верно: Я в замешательстве.
Правильно: пропылесошу.
Указанная запятая нужна.
