Запятые расставлены верно, а вот после цифр, с помощью которых нумеруются части перечня, нужно поставить не скобку, а точку, поскольку каждый пункт начинается с прописной буквы и оканчивается точкой:
Что делаем сегодня?
1. Подумаем, зачем мы вообще сегодня здесь собрались.
2. Узнаем, что такое референс-менеджеры...
В словарях это слово не зафиксировано, допустимы оба варианта написания. Можно пользоваться составным синонимом: устройство для чтения карт памяти.
Дополнительные запятые не требуются. Сочетание настроить организм на свой лад в данном случае не вполне понятно.
Написание неустоявшееся. Можно пользоваться составным синонимом: устройство для чтения карт памяти.
Правильно: Страшный суд. См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М., 2011.