Правильно: врио начальника. Расшифруем: временно исполняющему обязанности (кого? чьи?) начальника.
Верно: врио.
См. в толково-словообразовательном словаре (окно «Искать на Грамоте»).
Орфографический словарь
Корректно: врио начальника отдела.
Правильно: врио директора. Слово врио зафиксировано в "Русском орфографическом словаре РАН" под ред. проф. В. В. Лопатина. Электронная дополненная версия словаря есть на нашем портале.
Верно: врио командира Иванову И. И. Падеж слова командир определяется при расшифровке: временно исполняющему обязанности (кого?) командира Иванову И. И.
А где инициалы?
ИНИЦИАЛЫ, -ов; мн. (ед. инициал, -а; м.). [от лат. initialis - начальный]
1.
Первые буквы имени и отчества или имени и фамилии, реже имени, отчества и фамилии. Вырезать на дереве чьи-л. и. Ложка с инициалами "С.К."
2. Спец.
Укрупнённые и украшенные заглавные буквы в начале книги, главы или абзаца. < Инициальный, -ая, -ое (2 зн.). И-ые буквы нарисованы красной тушью.