Верен первый вариант.
Дело в том, что СИ — это не сокращение полного названия, а транскрипция аббревиатуры SI (Le Système international d’unité — Международная система единиц). Так что сочетание система СИ можно признать допустимым.
Оба слова в словарях не фиксируются. Корректно: товароучетная система (от сочетания учитывать товары).
Примите во внимание смысловые особенности высказывания: если имеются в виду отдельные системы, то следует предпочесть форму множественного числа существительного. Если допустимо все упомянутое представить как единое целое, то и выбор формы единственного числа очевиден.
Название склоняется.
Корректно: оригинальная система УО.
Корректно написать не с прилагательным слитно (неплохой = «хороший, действенный»): Дыхательная гимнастика — неплохой способ справиться с волнением.
