Подтверждаем, что запятая перед в том числе в данном случае не нужна.

Да, склоняются: документ выдан Аке.

В таком случае наименование следует склонять: органом ЗАГС Москвы № 127 Многофункциональным центром предоставления государственных услуг.

Суть Вашего вопроса нам не ясна. По поводу регламентации названий существует такой документ: Правила составления, подачи и рассмотрения заявки на регистрацию товарного знака и знака обслуживания (утверждены Приказом Роспатента № 32 от 5.03.2003).

Если Многофункциональный центр предоставления государственных услуг района Лефортово является одним из органов ЗАГС Москвы, то корректно: Органом ЗАГС Москвы № 127 «Многофункциональный центр предоставления государственных услуг района Лефортово».

Мужская фамилия Шарий, как и все мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, должна склоняться. Возможно адъективное склонение (по образцу прилагательных, как карий: Шарего, Шарему и т. д.) и субстантивное склонение (по образцу существительных, как санаторий: Шария, Шарию и т. д.). Тип склонения вправе выбрать носитель фамилии, т. е. здесь решение, как склонять фамилию, за Вашей семьей (но склонять надо обязательно).

Если в каких-то выданных ранее документах фамилия не склонялась, это означает, что документ содержит грамматическую ошибку, но от этого он не становится недействительным.

Лицо, которому запрещено что-то делать, является одновременно объектом запрета и субъектом запрещаемого действия. Если необходимо использовать выражение наложить запрет, то грамматически корректным будет использовать конструкцию, в которой имя этого лица связано с названием запрещаемого действия: на его выезд из страны наложен запрет. Если имя этого лица непременно нужно вынести в начало предложения (в позицию детерминанта) для того, чтобы дословно процитировать документ, можно рекомендовать использовать предельно абстрактный производный предлог в отношении: В отношении его «наложен запрет на выезд».

За справкой о вариантах имен можно обратиться в Институт русского языка им. В. В. Виноградова РАН.

После даты выдачи документа должен пройти как минимум один год, прежде чем наступит день (дата), когда можно обращаться с заявлением. Иными словами, формулировка подразумевает следующую календарную последовательность трех сроков: 1) первый промежуток времени, когда выдан документ; 2) второй промежуток времени, равный одному году; 3) момент времени (день), когда обращаются с заявлением. Фразы с сочетанием не позднее вполне объяснимо вызывают трудности у авторов и читателей текстов (см., в частности, пример в вопросе 322482). С помощью сочетания не позднее может быть обозначена сложная комбинация разных сроков — промежутков и моментов времени. Рекомендуем за дополнительными разъяснениями обратиться к материалу статьи Е. Геккиной «Время и деньги в сложных грамматических условиях» (опубликована в «Трудах Института лингвистических исследований» в 2016 году).

В ГОСТ Р 7.0.97-2016, на смену которому приходит данный, в приводимых примерах пробел между инициалами точно так же отсутствует. Так что принципиально нового здесь нет. Этот ГОСТ устанавливает требования к оформлению организационно-распорядительной документации. Вне сферы делопроизводства предпочтительно придерживаться традиционных правил: пробел между инициалами нужен.