Корректно: салат с вологодской уткой.

В упомянутом Вами разделе речь идет о так называемых колебаниях и вариантах, отличающих формообразование отдельных групп существительных. Вероятно, такие случаи предпочтительнее называть вариативными, а не спорными, хотя разные формы и оказываются предметом спора. Предпосылкой грамматического варьирования становится наличие в значении существительного признаков, характеризующих семантику разных форм. В речи, когда существительное употребляется в сочетании с конкретными словами, могут быть выражены или подчеркнуты только одни, но не другие смысловые признаки (например, признак ‘рыба’, но не ‘рыбное блюдо’). Вывод: обсуждаются сфера грамматического варьирования и признаки грамматических форм, предопределяющие варьирование; отмечаются тонкие смысловые нюансы высказываний, выраженные при помощи вариантных форм; в результате можно наблюдать смысловые и грамматические предпочтения говорящих, фиксировать изменения в функционировании именных форм.

Возможны оба варианта. Если Вы используете форму единственного числа, то имеете в виду перец как продукт. Если множественного, то отдельные овощи.

Запятые ставятся (между частями сложносочиненных предложений).

Прилагательное киприотский фиксируется словарями.

Кипрский – прилагательное от Кипр; киприотский – от киприот (житель Кипра), означает: 'относящийся к киприотам, принадлежащий, свойственный им' (например: киприотские песни). 

Запятая ставится, поскольку это сложноподчиненное предложение.

В «Русском орфографическом словаре» РАН зафиксировано слово кускус как название животного. Можно предположить употребление междометного сочетания кус-кус от глагола кусать (ср. ням-ням). Словом кускус еще называют крупу и блюдо. В этом значении предпочтительно писать слово слитно. 

Две запятые лишние. Корректно: Рис с баклажанами можно подавать как самостоятельное блюдо, как гарнир к мясу, курице, рыбе и – сюрприз – как начинку для пирогов.

Оба варианта верны: переперченное и переперчённое.

Между подлежащим и сказуемым ставится тире.