Возможны варианты. Но верно без кавычек (ср.: по прозвищу).
Можно, но обычно в этом нет практической необходимости.
Все названные Вами варианты обращения возможны.
Если это отчество от имени Рауф, то ударение на У.
Слово Берлин лучше написать в скобках: Анна Фогель (Берлин) разработала методику...
Лучше: выполнила студентка.