Падеж прилагательного-определения к существительному в сочетаниях с числительными два, три, четыре зависит от его позиции в словосочетании и от рода существительного. Если определение стоит перед сочетанием числительного с существительным (но не между этими словами), то оно употребляется в форме именительного падежа множественного числа: за последние три месяца (но: за три последних месяца). Варианты возможны в сочетаниях с прилагательными добрый, полный, целый (ждала целых два месяца — целые два месяца). Прилагательное, стоящие между числительным и существительным мужского или среднего рода, выступает в форме родительного падежа множественного числа: два разбитых ящика, три двухэтажных здания. При именах существительных женского рода прилагательные-определения могут употребляться как в форме именительного-винительного, так и в форме родительного падежа множественного числа: три столовые ложки — две оригинальных статьи и т. п. Более употребительна первая форма.
Корректно: Директор обозначил три тезиса, связанных с трудностью этой работы. 

В словаре-справочнике «Русское литературное произношение и ударение» под ред. Р. И. Аванесова и С. И. Ожегова (М., 1959) зафиксировано: мышление и допустимо мышление. Два варианта ударения даны и в «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1935–1940), и в словаре Даля (а это уже XIX век). Иными словами, вариант мышление (с ударением на ы), который сейчас у многих ассоциируется исключительно с М. С. Горбачёвым, последовательно признавался нормативным и в XIX веке, и в XX. Ничего не изменилось и в XXI веке: в современных словарях можно увидеть те же рекомендации. В «Большом орфоэпическом словаре русского языка» М. Л. Каленчук, Л. Л. Касаткина, Р. Ф. Касаткиной (М., 2012) указано: мышление и допустимо мышление.

Таким образом, суждение о том, что вариант мышление вошел в словари из-за Михаила Сергеевича, не соответствует действительности. Хотя нет сомнений, что распространенность этого ударения в последние годы XX века связана именно с тем, что такой вариант предпочитал Горбачёв.

1. Наша рекомендация: в текстах, не относящихся к финансовым и биржевым сводкам, знак денежной единицы предпочтительно ставить именно после цифр. См. ответ на вопрос 246257.

2. Ставить знак валюты перед цифрой/суммой — традиция технического оформления специализированных текстов.

3. Как указано в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой, знаки %, №, § отделяются пробелом от цифр. Полагаем, знаки денежных единиц должны оформляться аналогично.

4. Пробел между цифрой и словом (пусть и сокращенным) нужен: 5 руб. 

5. Графические сокращения (кроме названий единиц измерения) пишутся с точкой.

6. Сокращения типа руб. общепонятны, поэтому их можно использовать в текстах информационного характера. Разумеется, если мы передаем прямую речь, то слова нужно писать полностью, сравним: Я на это потратил десять тысяч рублей! (здесь использовать сокращение неуместно). 

7. Для обозначения рубля принято два сокращения — р. и руб., для обозначения доллара — долл.

8. Для удобства восприятия чисел принято ставить пробелы (если есть техническая возможность — неразрывные): 3 659 122.

Под бомбами здесь имеются в виду сигнальные шары, которые вывешивали на каланче, когда замечали пожар. Такие шары оповещали о размерах и месте возникновения пожара. Вот цитата из стихотворения Самуила Маршака «Пожар»:

На площади базарной,
На каланче пожарной
Круглые сутки
Дозорный у будки
Поглядывал вокруг —
На север,
На юг,
На запад,
На восток —
Не виден ли дымок.
И если видел он пожар,
Плывущий дым угарный,
Он поднимал сигнальный шар
Над каланчой пожарной.
И два шара,
И три шара
Взвивались вверх, бывало.
И вот с пожарного двора
Команда выезжала.

Верно: Стороны не информировали третьих лиц о деталях Договора...

Обороты, состоящие из существительного с предлогом, в целом не нуждаются в обособлении. Однако в некоторых случаях эти обороты выполняют особую функцию. Например, сочетание по прогнозам ученых из приведенного Вами предложения относится к группе вводных конструкций, указывающих на источник сообщения, и, соответственно, должно быть обособлено. 

В книжной и нейтрально-литературной речи существительные мужского рода в предложном падеже единственного числа с прилагательным- определением чаще всего употребляются с окончанием -е: нас встретили в большом аэропорте. 

Что касается сочетания на коричневой двери, возможны оба варианта ударения. 

Употребительна (благодаря удобству при чтении) форма именительного падежа.

Вы написали верно: легло в основу (чего?) воссоединения с Россией.

Количественные числительные два, три, четыре требуют от существительного, с которым они сочетаются, формы родительного падежа единственного числа: два, три, четыре электросудна (но: пять, шесть и т. д. электросудов). Подробнее о сочетании числительных с существительными см. грамматики и учебники, например учебник И. Е. Литневской на нашем портале.