При указании размера (калибра) требуются пробелы: 5,45 x 39 мм.

Это сложные предложения с прямым вопросом, в них кавычки не нужны: 

Разумеется, возникает вполне логичный вопрос: почему именно в последние 10–15 лет так много говорится о медицинской практике, основанной на принципах доказательности, почему сегодня это направление одно из самых перспективных в медицине?

Когда между группой случаев в контрольной группе установлено различие по частоте встречаемости фактора риска, необходимо задать вопрос: действительно ли уровень встречаемости фактора, наблюдаемый в контрольной группе, ожидаемый среди всего населения? Или вопрос можно задать по-другому: могут ли представители данной контрольной группы иметь к изучаемому фактору необычно высокий или низкий уровень подверженности, существенно отличающийся от всего населения, в отношении которого проводится исследование?

О таких предложениях писал Д. Э. Розенталь: «Двоеточие ставится перед прямым вопросом, включенным в состав бессоюзного сложного предложения: Спрашивается теперь: что же делало наше общество в последние 20–30 лет? (Доброл.); Одного только я не понимаю: как она могла тебя укусить? (Ч.); До сих пор удивительным и неразгаданным остается: кто же в эту роковую ночь дивизионную школу снял с караула? (Фурм.); Я прошел к калитке по мокрой траве, испытывая тревогу: кто же рассмотрит первый трактор в таком непроглядном тумане? (Перв.)».

Корректно:

1. Матч закончился победой команды «Светлячки» со счетом 67 : 59.

2. Только что завершился матч между командами «Светлячки» и «Темные». Финальный счет встречи — 67 : 59.

3. Матч закончился вничью — 5 : 5. Счет по периодам: 1 : 3, 2 : 3, 5 : 5.

Приведенные Вами примеры вполне вписываются в общее правило, поэтому корректно: ошибка-404, код состояния — 301, Глизе-3512, Лаланд-21185, Росс-128b, Thriller-2, The Dark Side of the Moon — 2.

Названия, написанные латиницей, в текстах на русском обычно не заключаются в кавычки: В тройку лидеров вошли такие компьютерные игры, как CS:GO, Valorant и GTA5.

Запятая не требуется.

Правильный вариант: на группе из 121 практически здорового мужчины. 

Да, именно так.

В данном случае запятая между такими и как ставится. Но если ислючить сочетание в том числе, то запятая будет не нужна (см. «Справочник по пунктуации»): ...работавший со многими знаменитыми рок-группами, такими как Kiss, Bon Jovi и Mötley Crüe.