Второй вариант (с двумя точками - и после прямой речи, и после авторских слов) корректен, как и первый.
Определить тип придаточного предложения можно по вопросу. Вопрос "Какой?" соответствует определительному придаточному. Вопрос "Насколько, в какой мере?" соответствует придаточному степени.
Обратимся к Вашим примерам. В первом предложении придаточная часть поясняет сказуемое (был маленьким), поэтому к ней логично поставить вопрос "Насколько?". Во втором предложении придаточное относится к определению "такой", поэтому и вопрос будет определительным.
Если автор или редактор/издатель вставляет в цитату свой текст, поясняющий в ней предложение либо отдельные слова, то этот текст помещают в квадратных (прямых) или угловых скобках: "Я просто думал, что они опубликуют [только] свою часть", — сказал он или "Я просто думал, что они опубликуют <только> свою часть", — сказал он.
В этом случае нужно руководствоваться правилом, приведённым в параграфе 5 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «...прописные буквы заменяются строчными, если перед перечислением стоят знаки двоеточие или тире (впереди имеется обобщение)». Корректно: Он спрашивал себя: зачем ему нужно это знать? почему это так важно для него?
В пункте 6 параграфа 15 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.) в ряду единиц, отменяющих тире между подлежащим и сказуемым-существительным, упомянуты вводное слово, обстоятельство, дополнение, союз и частица. Обособленных поясняющих приложений в этом ряду нет, следовательно, в Вашем случае тире сохраняется.
Нет, не плеоназм. Слово развитие обозначает многогранное явление, что очевидно даже из краткого словарного объяснения; см. статью в «Большом толковом словаре русского языка» (гл. ред. С. А. Кузнецов). Словосочетание процесс развития конкретизирует предмет описания. Вместе с тем не исключено, что в тексте выражение может оказаться избыточным, но эта оценка вне контекста безосновательна.
Академический справочник под ред. В. В. Лопатина указывает такой перенос как допустимый. Вот цитата.
Если же в группе согласных часть принадлежит приставке или если вся группа начинает вторую часть приставочного слова, предпочтительно учитывать членение слова на значимые части. Предпочтительные переносы: под-бить, под-бросить, при-слать, от-странить. Допустимые переносы: по-дбить, подб-росить; прис-лать; отс-транить и отст-ранить.
В справочнике под ред. В. В. Лопатина есть следующее примечание: «Допустимо используемое в современной практике печати при всех позициях обобщающих слов употребление тире, в том числе — перед перечислением (на месте традиционного двоеточия)».
Таким образом, по основному правилу в Вашем примере перед однородными членами ставится двоеточие, но и постановка тире не считается ошибкой.
Наречие очень относится не к сказуемому-существительному животное непосредственно, а к прилагательному сильное, что существенно отличает Ваш пример от примеров типа Мой отец для меня друг и наставник или Москва теперь порт пяти морей, приведенных в пункте 6 параграфа 15 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.).
Традиция хвалить учеников за хорошие успехи существовала еще в дореволюционной России. Видимо, знал о ней и Н. В. Гоголь, написавший в поэме «Мертвые души» об одном из персонажей так: «...новый начальник, точно как наперекор своему предместнику, объявил, что для него ум и хорошие успехи в науках ничего не значат...»
