Союз вместе с тем не требует выделения знаками препинания. Союзные сочетания а вместе с тем, но вместе с тем, как правило, соединяют простые предложения в составе сложного и перед ними ставится запятая или другой знак препинания.

Андрей, мы говорим о современной литературной норме. Во времена Брюллова (первая половина XIX века) норма была другой. Если бы художник работал над картиной в наши дни, он, по всей вероятности, назвал бы ее «Последний день Помпеев». 

В приведенном Вами предложении правильно раздельное написание: Прошу предоставить отгул за ранее отработанное время. Это легко проверить: слово ранее можно оторвать от за и переставить в другое место предложения: Прошу предоставить отгул за отработанное ранее время.

Оба способа слогораздела возможны. Какому из правил, декларируемых в учебнике для второго класса, противоречит вариант слогораздела а-ква-ри-ум? Другое дело, что такой слогораздел не позволяет перенести слово на новую строку по границе между первым и вторым слогом.

Если имеется в виду, что они сотрудничают между собой, верно: несколько компаний сотрудничают. Если имеется в виду сотрудничество с другой организацией, то возможны оба варианта. Форма единственного числа указывает на совокупность предметов, множественного – на отдельные предметы.

Для лингвиста это значит 20 лет + любой другой срок (секунда, минута, день...) Но что это значит для юриста - мы не знаем. Ведь выслугу считают в годах, а не в днях и секундах, не так ли?

Запятая не ставится. Сочетание по отзывам наших покупателей связано с глаголом сказать (очевидно, в значении 'предположить, заключить') и не образует вводную конструкцию (сравним другой случай: По отзывам наших покупателей, товар идеально подходит для дачи).

Оба варианта предложения некорректны, так как сопоставить ("сравнивая, соотнести друг с другом для получения каких-л. выводов") можно только вещи одного порядка. Сопоставлять растения и особенности так же невозможно, как сравнивать, например, мягкое и быстрое.