Это слово может быть написано с большой буквы в контексте, где ему приписывается особый высокий смысл.

Частица что ли обособляется. Нам не удалось найти ответ, где утверждается обратное. Пожалуйста, укажите его номер.

Поставленная запятая нужна. Это соответствует правилам пунктуации в сложноподчинённых предложениях, где придаточная часть отделяется от главной.

Запятую нужно поставить, чтобы в этом длинном предложении показать, где заканчивается оборот с предлогом в связи с. 

Обе части склоняются, согласуясь друг с другом: три года (где?) в колонии-поселении, но три года (чего?) колонии-поселения.

В данном случае корректны оба варианта: перезахоронить (где?) в братской могиле и перезахоронить (куда?) в братскую могилу. 

При Саде... (форма на -у только в местном значении: где - в саду, в лесу, в порту).

«Русский орфографический словарь» РАН фиксирует раздельное написание: условно патогенный. Пожалуйста, укажите номер вопроса, где дан другой ответ.

Очень интересный случай. Д. Э. Розенталь допускает постановку вопросительного знака, если вопросительная по цели высказывания часть сложноподчиненного предложения стоит после повествовательной и вопрос содержит сильно выраженную вопросительную интонацию (Скажите, пожалуйста, что это за огни? (Л.Т.); Я спросил, как же он стал отшельником? (М.Г.)) О предложениях с обратным порядком частей в правилах ничего не говорится. 

В практике письма встречается разное оформление предложений, подобных Вашему:

Какого же чёрта ты называешь это имя всуе? Я тебя спрашиваю! Пушкин ― это поэзия, а не проза! Ты меня слышишь, Овалов? [Б. Минаев] 

Куды ты его денешь? Куды? ― Я тебя спрашиваю! [В. Распутин] 

Небось чтоб на сале жаренная? На сале, я тебя спрашиваю?! [О. Павлов]

Чем, черт меня подери, похож я на влюбленного? Ну чем, я тебя спрашиваю! Похож я на него хоть чем-нибудь?.. [А. Вампилов]

Вариант с вопросительным и восклицательным знаками, хотя и не соответствует интонации конца предложения, но однозначно показывает, что в предложении соединены разные по цели высказывания части. Такое оформление в выборке примеров Национального корпуса русского языка преобладает. При отсутствии кодификации полагаем, что вариант с вопросительным и восклицательным знаками можно признать допустимым.

Запятая ставится (разделяет части сложного предложения), а вот вопросительный знак не нужен. Эти предложения - побудительные (просьбы), в конце ставится точка, как правило.