Э – междометие, запятая нужна.

Оба варианта возможны.

Не вполне понятно, что Вас смущает: Дуб — дерево. Роза — цветок. Олень — животное. Воробей — птица. Россия — наше отечество. С — скорость.

Поскольку местоимение который заменяет собой неодушевленное  существительное цветок, верно: ...о трёх цветках, которые он увидел на склонах Урала. Но (с одушевленным существительным): ...о трёх птицах, которых он увидел на склонах Урала.

Достаточно подставить вместо одушевленного неодушевленное существительное или существительное 1-го (по школьной грамматике) склонения, где родительный и винительный падеж не совпадают даже в случае одушевленности. Мы купили цветок. Я увидел девочку. Винительный падеж.

Варианты равноправны.

Запятая ставится (разделяет части сложного предложения), а вот вопросительный знак не нужен. Эти предложения - побудительные (просьбы), в конце ставится точка, как правило.

Да, при наличии пояснительных слов так, столь правильно раздельное написание. Ср.: долгожданным цветом осени, но: цветом осени, так долго жданным.

Не видим пунктуационных оснований для постановки запятой после слова запасы.

Возможны варианты:

При подлежащем — относительном местоимении кто (в функции союзного слова в придаточном предложении) сказуемое может стоять как в форме единственного, так и в форме множественного числа, например:
а) Все, кто не потерял еще головы, были против (Сергеев-Ценский); ...Те, кто не успел к двери, кинулись в радостной панике к окнам (Макаренко);
б) Тут эти люди, кто по неразумию своему малодушно положили оружие, узнали стыд... (А. Н. Толстой); В полку служат теперь те, кто десять лет назад были пионерами, бегали в школу, играли в снежки (Б. Полевой).
Форма множественного числа, возможная при условии, что в главном предложении соотносительное слово и сказуемое тоже стоят во множественном числе, подчеркивает множественность производителей действия (Розенталь Д. Э., Джанджакова Е. В., Кабанова Н. П. Справочник по правописанию, произношению, литературному редактированию).