Реальное написание слов этого типа (вид — подвид) сильно колеблется, но все больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении, напр.: дельфин-афалина (= афалина), антилопа-сайгак (= сайгак). Поэтому правило рекомендует для раздельного написания только соотношение "род — вид", типа рыба треска, птица иволга. Полагаем, что корректно дефисное написание камбала-калкан (но рыба камбала). Кстати, сочетание журавль стерх нигде не кодифицировано, а в Академосе есть журавль-красавка, хотя слово красавка может употребляться и самостоятельно. 

Да, вероятнее всего, этимологически слова синий и синица связаны друг с другом. Синица названа так по цвету оперения (в котором в верхней части тела преобладают синий и зеленовато-голубой цвета). Хотя среди лингвистов есть и другое мнение (что современное синица восходит к зиница от звукоподражания зинь и птица получила свое название сначала по характерным для нее звукам, а затем уже по цвету оперения), тем не менее большинство ученых все же возводят синица к синий.

В современном русском языке в слове синица выделяется корень син- и суффикс -иц.

Возможны оба варианта.

В школьных учебниках, в методической литературе встречаются оба варианта — с тире и без него. Колебания обусловлены тем, что к такому сочетанию могут быть применены сразу два правила. Первое (см. § 154): в сочетаниях с приложением, если одна из частей содержит пробел, ставится тире. Второе (см. § 122): пишутся раздельно cочетания с приложениями, следующими за определяемым словом, если первое слово является по значению более широким и общим, а второе — более узким и конкретным (птица иволга, гриб подосиновик, суп харчо и т. п.). На наш взгляд, применение первого правила является здесь более оправданным.

Правильно: на клею.

По правилам пишутся раздельно сочетания двух нарицательных существительных, первое из которых обозначает родовое понятие, а второе — видовое. В справочниках по правописанию, в которых описывается данное правило, приводятся не только примеры соотношений «род — вид» (птица иволга, гриб подосиновик), но и примеры слов, выражающих более дробное членение на виды и подвиды: антилопа сайгак, попугай какаду, обезьяна макака. При этом отмечается дефисное написание для многих слов, в которых «вторая часть не служит самостоятельным видовым обозначением». На практике же написание слов этого типа сильно колеблется, всё больше устанавливается дефисное написание при описании подвидов, даже если вторые части могут употребляться самостоятельно в том же значении.

В ОТЛИЧИЕ ОТ (кого, чего), предлог

Обороты, присоединяемые предлогом «в отличие от», могут обособляться. О факторах, влияющих на расстановку знаков препинания, см. в Прил. 1.

Нашлись и среди нас такие, которые утверждали, что наш профессор, в отличие от прочих навигаторов, сам никогда не выходил в море. А. Некрасов, Приключения капитана Врунгеля. Но штормовой ветер, в отличие от моря, разводит волну в заливе как бы с большой натугой. К. Паустовский, Кара-Бугаз. Человек в отличие от животных приобрел могучее мышление и воображение. И. Ефремов, Лезвие бритвы. Маршрутники в отличие от фланеров ведут визуальное наблюдение преимущественно в пути, при проезде в поездах и эшелонах. В. Богомолов, Момент истины. Достаточно надавить пальцем на глазное яблоко, и все реальные предметы – в отличие от галлюцинаций – раздвоятся. А. и Б. Стругацкие, Понедельник начинается в субботу. …Наша космическая наука преимущественно исследует обратную сторону Луны, в отличие от приземляющихся на дневной стороне американцев. В. Пелевин, Омон Ра.

Нет, написание касатка в значении 'дельфин' неправильно.

Правильно с прописной: это Сашина (Лилина, Петина) шляпа.