Во фразеологизмах, устойчивых выражениях и пр. — не ставится запятая.
Это связано с тем, что фразеологизмы и устойчивые выражения являются семантически цельными, то есть их значение не зависит от значений составляющих их слов. 

Знаки препинания расставлены верно. Слова немного детскими не являются ни уточнением, ни пояснением. С точки зрения логики, действительно, фраза кажется странной: девочка – это ребенок или подросток, и ее черты лица должны быть детскими.

Да, такой вариант градационного сочинительного союза существует (основной его вариант — не только… но и).

Употреблять его имеет смысл в случае, когда речь идет фактически об одном и том же действии, признаке, но с очень разной степенью интенсивности: Солнце не просто грело, но и выпаривало последнюю влагу из уже пожелтевших листьев. Звучит такая конструкция не очень хорошо: намного лучше не просто... но даже, не просто… но. Солнце не просто грело, но даже обжигало кожу. Уместен и союз а в качестве второй части составного союза: Солнце не просто ярко светило, а буквально ослепляло.

Вариант не просто… а также вряд ли возможен, потому что при употреблении в первой части союза слова просто вместо только на первый план выходит идея контраста, а не соединения, а элемент также выражает идею соединения с попутным отождествлением, что несовместимо с контрастом.

К сожалению, теологические споры вне нашей компетенции.

Приложение присоединяется дефисом: прошлое-магнит. Но можно написать через тире, если рассматривать оборот как пояснение: укроемся за прошлым - магнитом.

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

На обыденном уровне в таких перечислениях прочитывается логическое «или», ведь реконструкция — более серьезное «вмешательство», нежели капитальный, а тем более текущий ремонт. Если бы устранение физического износа зданий и сооружений могло выполняться только путем реконструкции, то зачем упоминать в тексте какие-либо виды ремонта?

Конечно, доля двусмысленности здесь есть, избавиться от нее можно с помощью повторяющегося разделительного союза: ...устранение физического износа зданий, сооружений выполняется путём либо текущих ремонтов, либо капитальных ремонтов, либо реконструкции.

Если логическое ударение на врач, никакие знаки препинания не нужны. Если логическое ударение на сделать прививки и не паниковать, можно оформить это предложение как содержащее прямую речь: «Сделать прививки и не паниковать», – посоветовал врач.

Если в предложении содержится скрытое противопоставление, а логическое ударение падает на сочетание у него (жар — именно у него, а не у кого-то другого и не в окружающей среде), то приведенный вариант расстановки знаков препинания уместен. Если же логическое ударение падает на слово жар, тире ставить не нужно.